Należy zwrócić uwagę na specyficzną sytuację, w której znalazły się firmy, których rok podatkowy nie pokrywa się z kalendarzowym.

Preferencyjna 5-proc. stawka podatku przysługiwała wszystkim spółkom, które miały siedzibę w innym niż Polska państwie UE oraz nie korzystały w tym kraju ze zwolnienia z opodatkowania od całości dochodów. Jednocześnie art. 12 ustawy z 25 listopada 2010 r. stanowi, że w przypadku spółek, których rok podatkowy nie pokrywa się z rokiem kalendarzowym i rozpoczął się przed 1 stycznia 2011 r., spółki te stosują do końca swojego roku podatkowego przepisy ustawy obowiązujące do końca 2010 r. Wynika z tego, że spółka, której rok podatkowy kończy się np. 31 marca, powinna do tego dnia stosować przepisy sprzed nowelizacji, więc nie byłaby uprawniona do stosowania niższej stawki.

Jednak podatek od należności licencyjnych jest płacony do 7. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym faktycznie dokonywana jest płatność. Od nierezydentów, którzy są odbiorcami należności, nie wymaga się złożenia zawiadomienia o stosowanym przez nich roku podatkowym. Można więc twierdzić, że bez znaczenia dla ustalenia stawki podatku powinien pozostawać rok podatkowy zagranicznego podatnika. Stawki tej nie ustala się bowiem dla danego roku podatkowego, tylko dla konkretnej płatności. W takim przypadku spółka, której rok podatkowy kończy się 31 marca, już od 1 stycznia mogłaby korzystać z preferencyjnej stawki podatku.

Pamiętać jednak trzeba, że zmiana zasad opodatkowania była skutkiem błędu w procesie legislacyjnym. Dlatego bezpieczniejsze jest stosowanie preferencyjnej stawki jedynie w okresie pomiędzy zakończeniem roku podatkowego (w naszym przykładzie 31 marca) a kolejną nowelizacją z 2 czerwca 2011 r.