Fundusze podlegają podmiotowemu zwolnieniu z podatku dochodowego. Inwestorzy często obejmują certyfikaty w takich funduszach w zamian za wnoszone udziały w spółkach lub akcje. Pojawia się pytanie, czy na etapie wnoszenia akcji i udziałów do funduszy po stronie inwestora konieczne jest wykazanie dochodu do opodatkowania. Opinie organów podatkowych i sądów w tym zakresie są niejednolite.

Organy podatkowe początkowo wydawały korzystne dla podatników interpretacje, uznając, że wniesienie udziałów do funduszu w zamian za certyfikaty nie skutkuje powstaniem po stronie inwestorów przychodów i kosztów na gruncie CIT. Stanowisko to jednak uległo zmianie i obecnie organy podatkowe powszechnie uznają, że dochód do opodatkowania powstaje w momencie wnoszenia udziałów do funduszu. Również część sądów administracyjnych podziela to stanowisko (np. wyrok NSA z 1 grudnia 2009 r., sygn. akt II FSK 939/08, wyrok NSA z 6 kwietnia 2011 r., sygn. akt FSK 2056/09).

Jednak stanowisko sądów nie jest jednolite. W jednej ze spraw podatnik zaskarżył niekorzystną interpretację podatkową. WSA w Warszawie przyznał rację podatnikowi (sygn. akt III SA/Wa 3471/08). Uznał, że w sytuacji gdy statut funduszu nie przewiduje wypłacania dochodów bez wykupywania certyfikatów należy przyjąć, że ustawodawca wiąże zaistnienie takiego przychodu z chwilą otrzymania przez uczestnika realnego przysporzenia. Chwila ta następuje w dacie wykupienia (umorzenia) certyfikatu. Wyrok WSA został zaskarżony do NSA, który zgodził się ze stanowiskiem sądu wojewódzkiego (sygn. akt II FSK 1047/09). Powyższy wyrok zasługuje na aprobatę. Ponieważ jednak w analizowanym stanie prawnym rozbieżności w orzecznictwie mają charakter zasadniczy, dobrym rozwiązaniem byłoby podjęcie przez poszerzony skład NSA uchwały, która być może wyeliminowałaby istniejące wątpliwości.