Organy podatkowe powołując się na przepisy Ordynacji Podatkowej twierdziły, że w dniu złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty zobowiązanie w VAT za miesiąc przeszły (np. styczeń 2008 roku) stało się zaległością podatkową, od której naliczane są odsetki za zwłokę, gdyż nadpłata powstaje dopiero w momencie jej stwierdzenia przez organ, a nie w momencie zapłaty podatku w kwocie przewyższającej należność. Niestety pogląd ten dość często podzielały też niektóre składy wojewódzkich sądów administracyjnych. Sądy stosowały przepisy, opierając się na procedurze, która nakazywała do końca 2008 roku zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej z dniem złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a więc zwykle długo po nieprawidłowym rozpoznaniu obowiązku.

Spór rozstrzygnął NSA w wyroku z 14 grudnia 2010 r. (sygn. akt I FSK 88/10, I FSK 69/10). Sąd stwierdził, że w sytuacji, gdy uprzednie przepłacenie VAT, skutkujące jego nadpłatą w potocznym rozumieniu tego słowa, jest równoznaczne z popadnięciem przez podatnika w zaległości podatkowe w dalszym okresie rozliczeniowym, to należy dokonać wykładni przepisów z uwzględnieniem zasady proporcjonalności. Tym samym w okresie do 31 grudnia 2008 r. (kiedy istniał sporny przepis) stosowanie go wymaga, aby podatnik, który przedwcześnie rozliczył VAT za dany okres, wykazując podatek należny, w wyniku czego w kolejnych okresach rozliczeniowych popadł w zaległość podatkową, nie był obciążany odsetkami za zwłokę od tych zaległości do wysokości odsetek, które byłyby należne od kwoty nadpłaconej.

Przepisy w tym zakresie zmieniły się od 2009 roku, jednak wyrok NSA należy polecić uwadze tych podatników, którzy toczą spory o zbyt wczesne rozpoznanie obowiązku podatkowego za okresy rozliczeniowe, w których przepis obowiązywał, a za które zobowiązania podatkowe nie uległy przedawnieniu.