Na tym tle często dochodziło do sporów między podatnikami a organami podatkowymi. Brak prawa do odliczenia argumentowały one tym, że zaniechane inwestycje z oczywistych powodów wykazują brak związku z dalszymi czynnościami opodatkowanymi stanowiącymi przychód, który jest warunkiem koniecznym do odliczenia VAT naliczonego. Ponadto do końca 2008 r. obowiązywał art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT, który uzależniał odliczenie od tego, czy dany wydatek mógł zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów dla celów podatków dochodowych. W tym kontekście istotne znaczenie ma wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 16 listopada 2010 r. (sygn. akt I FSK 1960/09). W sprawie zastosowanie miały przepisy obowiązujące przed 1 grudnia 2008 r., ale tezy NSA zachowują swą aktualność.

Sąd podzielił stanowisko spółki, która odliczała VAT od poniesionych wydatków na zaniechane inwestycje, mimo że polskie przepisy podatkowe wyłączały taką możliwość. Ze względu na brak zgodności art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT z przepisami wspólnotowymi przepis ten nie powinien być stosowany jako podstawa rozstrzygnięcia organów podatkowych. Spółka powołała również art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy VAT (art. 176 Dyrektywy 2006/112), które podważały polskie uregulowania w zakresie zakazu odliczania VAT kosztów zaniechanych inwestycji.

Wyrok ten jest kolejnym potwierdzeniem, że polskie sądy administracyjne przywołują liczne orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE, z których konsekwentnie wynika, że jeśli w prawie wspólnotowym brak regulacji pozwalającej wprost na ograniczenie prawa podatników do odliczenia VAT, to prawo to powinno być w pełni respektowane. Trybunał stwierdził już w sprawie C-37/95, że system odliczeń VAT oznacza całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od kosztów VAT. Podobna teza pojawiła się m.in. w wyroku w sprawie C-400/98.