W trakcie ostatnich prac nad zmianą ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w Senacie dodano przepis przejściowy statuujący, że podatnicy podatku dochodowego od osób prawnych, u których rok podatkowy jest inny niż rok kalendarzowy i rozpoczął się przed 1 stycznia 2011 r., stosują do końca przyjętego przez siebie roku podatkowego przepisy obowiązujące do 31 grudnia 2010 r. Regulacja taka jest niezbędna do zapewnienia, że podatnicy w trakcie trwania swojego roku podatkowego nie zostaną zaskoczeni przez zmianę przepisów wchodzących w życie 1 stycznia 2011 r.

Może pojawić się jednak pytanie przy takim brzmieniu przepisu przejściowego do jakiej grupy podatników ma on zastosowanie. Bez wątpienia ma on zastosowanie do podatników, których rok podatkowy jest inny niż rok kalendarzowy, czyli np. zaczął się 1 lutego 2010 r. i będzie trwał do 31 stycznia 2011 r.

Czy jednak przepis przejściowy ma zastosowanie do podatników, którzy rozpoczęli swoją działalność gospodarczą w drugiej połowie 2010 r. i wybrali rok podatkowy trwający do końca 2011 r.? Otóż art. 8 ust. 2a ustawy o CIT stanowi, że tacy podatnicy wybrali rok podatkowy pokrywający się z rokiem kalendarzowym, a tylko ich pierwszy rok podatkowy trwa od dnia rozpoczęcia działalności do końca roku kalendarzowego następującego po roku, w którym rozpoczęto działalność. Powstaje zatem pytanie, czy stosować do nich przepisy dotychczasowe na mocy wskazanego przepisu przejściowego, czy też od 1 stycznia 2011 r. przepisy nowe.

Stosuje się przepisy dotychczasowe, aczkolwiek Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku o sygn. akt II FSK 620/07, jak się wydaje, wyraził odmienne zdanie.