W rozpatrywanej sprawie izba skarbowa odmówiła spółce wypłaty odsetek od kwoty różnicy VAT za 2002 i 2003 rok. Organ podatkowy przedłużał terminy zwrotu wykazanego w deklaracjach.

Według izby zwrot odsetek nie przysługiwał w przypadku zakwestionowania poprawności złożonej deklaracji, gdyż kwoty zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym od maja do września 2002 r. uległy przedawnieniu 31 grudnia 2007 r., natomiast od października 2002 r. do lutego 2003 r. – 31 grudnia 2008 r.

Sąd I instancji utrzymał w mocy tę decyzję. Powołał się na uchwałę NSA z 7 grudnia 2009 r. (II FPS 5/09). Według uchwały odsetki od zaliczek na PIT oraz odsetki od zaliczek niewniesionych w terminie przedawniają się z upływem 5 lat, licząc od końca roku podatkowego, w którym powstał obowiązek ich zapłaty.

Spółka złożyła skargę kasacyjną. Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Według NSA nie można automatycznie stosować postanowień uchwały do tej sprawy i przyjmować stanowiska, że odsetki od zwrotu VAT ulegają przedawnieniu.

Wyrok jest prawomocny.

Wyrok NSA z 18 stycznia 2012 r. sygn. akt I FSK 595/11