Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18 marca 2011 r. uznał, że konsekwencją wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie Magoora (C-414/07) nie jest to, że po 2004 roku możliwe jest pełne odliczania VAT od zakupu samochodów z tzw. kratką używanych dla celów firmowych, oraz paliwa do ich napędu, nawet jeśli polska ustawa o VAT rozszerzyła ograniczenia w zakresie odliczania VAT naliczonego w stosunku do wcześniej obowiązujących przepisów.

W rozpatrywanej sprawie spółka złożyła korektę deklaracji VAT zwiększając podatek naliczony podlegający odliczeniu w stosunku do pierwotnego rozliczenia. Jej zdaniem, Polska po akcesji do Unii mogła utrzymać w ustawodawstwie krajowym tylko te wyłączenia, w prawie do odliczania podatku naliczonego, które istniały przed 1 maja 2004 r.

Natomiast ustawą z 11 marca 2004 r. (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) wprowadzone zostały do porządku krajowego nowe wyłączenia w zakresie odliczania podatku naliczonego, które pogarszały sytuację podatników.

Organ podatkowy nie podzielił tego stanowiska i odmówił spółce możliwości stwierdzania nadpłaty w VAT z tego tytułu. Korekta deklaracji VAT spółki dotyczyła ponad 180 samochodów.

Spółka zaskarżyła decyzję organu do sądu, który podzielił argumenty spółki, Sąd pierwszej instancji zgodził się ze stanowiskiem wyrażanym już wcześniej przez wojewódzkie sądy administracyjne. Zgodnie z nim wobec naruszenia przepisów wspólnotowych, po 2004 roku nie mają zastosowania wszelkie określone polskim VAT ograniczenia w odliczaniu VAT naliczonego.

NSA podważył ten pogląd, wskazując, że jest on zbyt radykalny. Zdaniem sądu w takim wypadku należy brać pod uwagę stan prawny obowiązujący przed 2004 rokiem, a więc odnieść się do stosowania ograniczeń w odliczeniu VAT od samochodów obowiązujących na gruncie ustawy o podatku od towarów i usług i podatku akcyzowego z 1993 roku. Tym samym sąd uchylił wyrok sądu pierwszej instancji. Wyrok jest prawomocny.

SYGN. AKT I FSK 1471/09