Organ podatkowy może w pewnych sytuacjach pominąć ten zakaz. Organ odwoławczy może wydać decyzję na niekorzyść strony odwołującej się, jeżeli zaskarżona decyzja rażąco narusza prawo lub interes publiczny. Pojawiają się tu wątpliwości, czy określenie rażąco narusza odnosi się do prawa czy także do interesu publicznego. Wykładnia tego przepisu prowadzi do wniosku, że określenie rażąco narusza odnosi się zarówno do prawa, jak i interesu publicznego. Zatem zwykłe naruszenie prawa lub interesu społecznego nie upoważnia organu do pominięcia zakazu reformationis in peius. Sformułowanie rażące naruszenie jako niedookreślone było wielokrotnie interpretowane przez sądy administracyjne. Zgodnie z wyrokiem NSA (sygn. akt II FSK 113/06) rażący to dający się łatwo stwierdzić, wyraźny, oczywisty, niewątpliwy, bezsporny, bardzo duży. Takie znaczenie pojęcia rażące naruszenie prawa powoduje, że stwierdzenie nieważności decyzji z tej przyczyny może nastąpić w wypadku zastosowania w kwestionowanym rozstrzygnięciu normy prawnej, której znaczenie można ustalić w sposób niewątpliwy, bezsporny. Nie może być zatem podstawą do takiego działania norma prawna, co do której treści istnieją istotne rozbieżności w orzecznictwie sądowym. Jednak każdy przypadek powinien być rozpatrywany osobno, ponieważ może się tak zdarzyć, że rozbieżność orzecznictwa sądowego nie wyklucza sama przez się możliwości, że jeden z dwóch sprzecznych ze sobą poglądów wyrażonych w tym orzecznictwie jest na tyle wadliwy, że jego przyjęcie przez organ podatkowy stanowi rażące naruszenie prawa - tak stwierdził NSA (sygn. akt II FSK 218/06). Z kolei w innym wyroku NSA (sygn. akt II FSK 1204/05) wyjaśnił, że postawienie zarzutu rażącego naruszenia prawa musi być związane z konkretnym przepisem, którego treść nie budzi wątpliwości, a interpretacja w zasadzie nie wymaga sięgania po inne metody wykładni poza językową.

Organy podatkowe, pomimo faktu, że sformułowanie rażące naruszenie nie ma swojej ustawowej definicji, nie mogą zatem dowolnie pomijać zakazu reformationis in peius, ale są faktycznie związane dorobkiem orzecznictwa i doktryny. Pozwala to z dużą dozą prawdopodobieństwa przewidzieć wynik sprawy.