Skargę do TK wniósł Rzecznik Praw Obywatelskich (RPO). Zarzucił w niej niezgodność z Konstytucją art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Przepis ten mówi m.in., że zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym następuje w ciągu 60 dni. Urząd skarbowy może jednak - gdy ma wątpliwości - wszcząć postępowanie sprawdzające i wydłużyć termin do zwrotu aż do jego zakończenia.

RPO kwestionował tę regulację, twierdząc, że ustawa o VAT nie wskazuje jasnych przesłanek wszczęcia postępowania wyjaśniającego, ani maksymalnego terminu jego prowadzenia przez organ podatkowy. Jego zdaniem, powoduje to, że zasada neutralności podatku jest iluzoryczna.

"60 dni na zwrot to dwa pełne okresy rozliczeniowe podatku, a ich dalsze bezterminowe przedłużanie może zagrozić płynności finansowej podatnika" - mówił podczas rozprawy przed Trybunałem pełnomocnik RPO dr Ryszard Zelwiański.

Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego, gwarancje dla ochrony praw podatnika przed fiskusem można znaleźć w Ordynacji podatkowej i Kodeksie postępowania administracyjnego. To oznacza, że zakwestionowany przez RPO przepis ustawy o VAT sam w sobie nie stwarza ryzyka naruszenia praw podatnika, który w prawidłowy i rzetelny sposób korzysta z przysługującego mu prawa do uzyskania zwrotu różnicy podatku.

Sędzia Ewa Łętowska w uzasadnieniu wyroku powiedziała, że w przypadku, gdy urząd zakończy postępowanie sprawdzające, jest zobowiązany do zwrotu różnicy podatku wraz z odsetkami w wysokości 7,5 proc.

TK przyznał, że w praktyce stosowania spornego przepisu mogą wystąpić sytuacje, w których inicjowanie postępowania sprawdzającego okazuje się niezasadne czy może - patologicznie - okazać się szykaną. W takich sytuacjach może dojść do naruszenia praw podatnika.

Według TK, w takim przypadku potrzebna jest kontrola "przy pomocy właściwych dla niej środków". Zdaniem Trybunału możliwości takie stwarza Kodeks postępowania administracyjnego.