W przypadku faktur przechowywanych w formie elektronicznej konieczne jest zapewnienie organom podatkowym (także organom kontroli skarbowej) dostępu do nich w sposób umożliwiający im bezzwłoczny pobór i przetwarzanie zawartych w nich danych. Wynika to z art. 112a ust. 4 ustawy o VAT.

Chodzi o dostęp po wszczęciu postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, czynności sprawdzających albo po wszczęciu postępowania przez organ kontroli skarbowej – w zakresie nie wykraczającym poza wyznaczony tymi postępowaniami.

To oznacza, że podatnik powinien udostępnić organom w swojej siedzibie, w godzinach prowadzenia działalności, stanowisko komputerowe, które pozwala – w zakresie objętym kontrolą podatkową – na dostęp elektroniczny do przechowywanych faktur elektronicznych podatnika i jego kontrahentów.

Jedynie za zgodą podatnika w grę może wchodzić dostęp – jako czynność urzędowa – do faktur elektronicznych w siedzibie organu. Innymi słowy, podatnik może zgodzić się na udostępnienie e-faktur za pośrednictwem stosownego systemu teleinformatycznego wykorzystującego np. internet.

Nie wyklucza to również możliwości udostępnienia tych faktur – za dany okres rozliczeniowy objęty czynnościami – na zewnętrznych nośnikach danych, np. przez przekazanie płyty CD lub pamięci masowej USB.