W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Wynika to z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm., dalej ustawa o VAT).
Zwrot na rachunek
W przypadku gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Przewiduje to art. 87 ust. 1 ustawy o VAT. Zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Jeżeli jednak zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Jeżeli przeprowadzone postępowanie wykaże zasadność wspomnianego zwrotu, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Uregulowano tę kwestię w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.
 PRZYKŁAD: ROBOTY REMONTOWE Spółka wykonuje roboty remontowe budynku hali przemysłowej zaliczonego do środków trwałych i podlegającego amortyzacji, finansowane (w wartościach netto bez VAT) ze środków pomocowych. Spółka ma możliwość uzyskania zwrotu różnicy podatku wynikającej z nadwyżki nad podatkiem należnym, podatku naliczonego za roboty na zasadach określonych w art. 87 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług (zob. wyjaśnienia naczelnika Urzędu Skarbowego w Zambrowie z 21 października 2005 r., nr VAT/443-10/3-1/05AK).
Dłuższy termin
Warto jednak przypomnieć o regulacjach przewidzianych w art. 87 ust. 3 ustawy o VAT. Z przepisów tych wynika, że w terminie 180 dni od złożenia deklaracji podatkowej zwrotowi podlega różnica podatku w kwocie przekraczającej wartość podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji. Dotyczy to również gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli zostały one zaliczone do środków trwałych nabywcy, powiększonej o 22 proc. obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż określone w art. 41 ust. 1 (czyli 22 proc.) oraz obrotu z tytułu dostaw towarów lub świadczenia usług, o których mowa w art. 86 ust. 8 pkt 1 (czyli dostawy towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju w określonych okolicznościach).
Zabezpieczenie majątkowe
Przy rozliczeniach VAT należy również zwrócić uwagę na przepisy art. 87 ust. 3a ustawy o VAT. Według tego unormowania, do obrotu, o którym mowa we wspomnianym już art. 87 ust. 3 ustawy o VAT, wlicza się obrót z tytułu otrzymania należności, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19 ust. 12 (dotyczy eksportu przy spełnieniu określonych warunków) albo art. 20 ust. 3 (dotyczy otrzymania części lub całości ceny). Jest tak pod warunkiem przedstawienia w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego w kwocie odpowiadającej kwocie podatku, jaka byłaby należna, gdyby obrót ten dotyczył dostawy towarów na terytorium kraju, do czasu przedstawienia dokumentów potwierdzających eksport towarów albo wewnątrz- wspólnotową dostawę towarów, objętych tą należnością.
PODSTAWOWE PRAWO PODATNIKA

Gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Urząd wyjaśnia
Na temat stosowania tych zasad wypowiadały się organy podatkowe. Jak podkreślono w wyjaśnieniach naczelnika Lubuskiego Urzędu Skarbowego (nr LUS/I-2/443/116/05/KW, z 3 listopada 2005 r.), do ustalenia limitu zwrotu przysługującego w terminie 60 dni, wlicza się obrót z tytułu otrzymania zaliczek związanych m.in. z wewnątrzwspólnotową dostawą towarów, tylko w przypadku przedstawienia w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego. W przypadku gdy podatnik do wyliczenia wspomnianego limitu zwrotu nie uwzględnia obrotu opodatkowanego stawką 0 proc. z tytułu otrzymanych zaliczek na wewnątrzwspólnotową dostawę towarów, to nie ma obowiązku przedstawiania w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego.
WAŻNE TERMINY

25, 60 lub 180 dni – to terminy, w ciągu których podatnik, w zależności od tego, jakie warunki spełnia, może otrzymać zwrot różnicy VAT.
Umotywowany wniosek
Na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową kwota różnicy podatku podlegająca zwrotowi w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia ulega podwyższeniu, jeżeli podwyższenie tej kwoty jest uzasadnione sezonowością produkcji lub sezonowością wykonywanych usług, lub sezonowością skupu produktów rolnych. Taka zasada przewidziana jest w art. 87 ust. 4 ustawy o VAT. Z kolei według art. 87 ust. 5 ustawy o VAT, na umotywowany wniosek podatnikom dokonującym dostawy towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju i niedokonującym sprzedaży opodatkowanej przysługuje zwrot kwoty podatku naliczonego – o której mowa w art. 86 ust. 8 pkt 1 – w terminie 60 dni. Przypomnijmy, że zgodnie natomiast z art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o PIT, podatnik ma również prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju. Dotyczy to sytuacji, gdy kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami.
Szybszy zwrot
Bardzo istotna regulacja zawarta jest w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT. Otóż na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową urząd skarbowy jest zobowiązany zwrócić różnicę podatku, w terminie 25 dni, a w przypadku kwoty, o której mowa w art. 87 ust. 3 ustawy, w terminie 60 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia. Dotyczy to przypadków, gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, wynikają z: • faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury, z uwzględnieniem art. 22 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz.U. nr 173, poz. 1807 z późn. zm.), • dokumentów celnych oraz decyzji naczelnika urzędu celnego i zostały przez podatnika zapłacone, • wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji.