Obowiązek podatkowy w przypadku WNT powstaje 15. dnia miesiąca następującego po dokonanej dostawie towarów, chyba że przed tą datą wystawiona została faktura. Z kolei prawo do odliczenia podatku naliczonego po stronie nabywcy powstaje w rozliczeniu za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy w WNT. Oznacza to, że podatnik mający nieograniczone prawo do odliczenia podatku naliczonego może rozliczyć podatek z tytułu WNT na poziomie samych zapisów w deklaracji podatkowej i bez konieczności dokonania jakiejkolwiek płatności. W ten sposób realizowana jest zasada neutralności i opodatkowania konsumpcji. Ta przyjazna podatnikowi formuła ma się zmienić.

Projekt nowelizacji ustawy o VAT z 10 sierpnia przewiduje zmiany zarówno w odniesieniu do momentu powstania obowiązku podatkowego w WNT, jak i prawa do odliczenia podatku naliczonego. O ile pierwsza propozycja ma charakter techniczny, o tyle druga budzi już pewien niepokój. Zgodnie z projektem kwota podatku naliczonego będzie ustalana na podstawie otrzymanej faktury, zaś prawo do odliczenia powstawać będzie nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę. Oznacza to, że w przypadku, gdy zagraniczny dostawca spóźniać się będzie z wystawieniem faktury za dokonaną dostawę polski nabywca będzie zobowiązany do rozliczenia podatku należnego, ale dopóki nie otrzyma faktury nie będzie mógł odliczyć podatku naliczonego. Mogą więc pojawić się przypadki, gdy w razie spóźnionego wystawienia i doręczenia faktury polski nabywca będzie zobowiązany do zapłaty odsetek za zwłokę. Wydaje się, że w trudnych dla przedsiębiorców czasach ustawodawca nie powinien rzucać im kłód pod nogi, jeżeli nie musi tego robić. Tymczasem zgodnie z dyrektywą 2006/112 taka zmiana jest dopuszczalna, ale nie jest niezbędna, więc obecne przepisy są zgodne z dyrektywą.