W związku z tym, że lista krajów, które stosują zasadę wzajemności, nie jest umieszczona w żadnej ustawie czy rozporządzeniu, zagraniczne firmy muszą przedstawić dowody na to, że dany kraj taką zasadę spełnia. To jednak wymaga czasu, a zwrot VAT się opóźnia. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 6 grudnia 2011 roku (sygn. akt I FSK 250/11) uznał, że lista państw spełniających zasadę wzajemności powinna być ogłoszona w powszechnie obowiązujących przepisach. Sąd podzielił zarzut spółki, że w Polsce podatnicy z państw pozaunijnych w chwili składania wniosków o zwrot nie mogą stwierdzić, czy są do tego uprawnieni, gdyż lista państw uprawnionych nie została podana do publicznej wiadomości. Funkcjonuje ona jedynie w obrocie między urzędami.

W ocenie NSA o braku spełnienia zasady wzajemności, warunkującej zwrot VAT, nie mogą decydować wewnętrzne i niepublikowane pisma Ministerstwa Finansów.

– Praktyka taka pozbawiona jest podstaw prawnych – mówi Adrian Artowicz, ekspert podatkowy z ECDDP.

NSA dodał, że w związku z tym, że przepisy nie zawierają listy takich krajów, to kwestia spełniania przesłanki wzajemności powinna zostać rozstrzygnięta w postępowaniu dowodowym. NSA dopuszcza każdy dowód, który przyczyniłby się do wyjaśnienia sprawy. W szczególności Ministerstwo Spraw Zagranicznych z inicjatywy Ministerstwa Finansów mogłoby wszcząć procedurę wymiany not dyplomatycznych pomiędzy Polską a określonym krajem spoza UE (np. Japonią).

Według Adriana Artowicza w związku z tym, że polskie prawo nie reguluje sposobu dokonywania oceny spełnienia przesłanki wzajemności, wyrok NSA ma znaczenie ogólniejsze. Teza wyroku ma odniesienie do wszystkich przypadków, w których skutki prawne powstające na terytorium Polski są uzależnione od stosowania przez obce państwo zasady wzajemności.