Zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) obowiązującymi do końca 2008 roku podatnicy mogli złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty w ciągu 5 lat od dnia złożenia zeznania podatkowego, w którym wykazali nadpłatę. Prawo takie wynikało z art. 79 par. 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej.
Od 1 stycznia 2009 r. przepis się zmienił, a nowelizacja nie zawierała przepisu przejściowego, który określałby, czy do terminu na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty należy stosować przepisy stare, czy nowe. Zgodnie z nowym art. 79 par. 2 Ordynacji prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Problem dotyczy więc podatników, którym zgodnie ze starymi przepisami pięcioletni termin na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie wygasł. Rozstrzygnęły go ostatnio sądy administracyjne.
Korzystne dla podatników wyroki wydały WSA w Rzeszowie (sygn. akt I SA/Rz 292/11) oraz WSA w Gliwicach (sygn. akt III SA/Gl 2899/10). Jak wyjaśnia Jacek Pawlik, doradca podatkowy w Eccom, w sprawie rzeszowskiej spór sprowadzał się do rozstrzygnięcia, jaki stan prawny należy zastosować do złożonego przez podatnika 31 grudnia 2009 r. wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku akcyzowym za okres od maja do sierpnia 2004 roku.
Organy podatkowe twierdziły, że nowe przepisy, które zaczęły obowiązywać od 1 stycznia 2009 r. i zrównywały okres na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty z okresem przedawnienia zobowiązania podatkowego, nie mają zastosowania. Zdaniem Jacka Pawlika, sądy trafnie orzekły, że stanowisko organów podatkowych jest nieprawidłowe.
Rzeszowski sąd, powołując się na pogląd Bogusława Gruszczyńskiego, uznał, że przepis art. 79 Ordynacji w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2008 r., będzie miał po tej dacie zastosowanie w sprawach, w których prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasło najpóźniej do 31 grudnia 2008 r. Natomiast w sytuacji, gdy pięcioletni termin nie zakończył biegu przed dniem wejścia w życie nowelizacji ustawy, zastosowanie będzie miało nowe brzmienie art. 79 par. 2 Ordynacji podatkowej. Stanie się tak, mimo że nowelizacja ustawy nie przewidywała przepisu przejściowego.
– Prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, wygaśnie więc dopiero po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego – stwierdził sąd.
Podobnie orzekał również WSA w Olsztynie (sygn. akt I SA/Ol 189/11) i inne sądy.
Jak stwierdza Jacek Pawlik, ponieważ w sprawie skarżącego okres pięcioletni mijał dopiero 31 grudnia 2009 r., a więc po nowelizacji, zastosowanie znajdzie nowy przepis art. 79 par. 2 Ordynacji podatkowej.
Podatnicy, którzy znaleźli się w podobnej sytuacji, a więc gdy organ podatkowy odmówił im stwierdzenia nadpłaty oraz umorzył postępowanie, powinni złożyć odwołanie do dyrektora izby skarbowej, a następnie skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego.
