Konieczność zapłaty w takiej sytuacji nienależnie naliczonego podatku wynika z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Przepis ten ma niewątpliwie charakter sankcyjny. Nie oznacza to jednak, że tak wystawiona faktura przestaje być fakturą. Ponieważ jest nią nadal, to mają w stosunku do niej zastosowanie odpowiednie przepisy dotyczące wystawiania faktur korygujących. Potwierdza to także całkiem bogate w tej mierze orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Tak np. w orzeczeniu w sprawie C-454/98 (Schmeink & Cofreth and Strobel) Trybunał stwierdził, że jeżeli podmiot wystawiający fakturę we właściwym czasie całkowicie usunął możliwość jakiegokolwiek uszczuplenia należności podatkowych, może on wyeliminować tę fakturę z obrotu prawnego. Trybunał zaznaczył, że jest to możliwe nawet wówczas, jeżeli wystawca faktury działał w złej wierze.

Jeżeli zatem na skutek wystawienia faktury z nienależnie wykazaną kwotą podatku Skarb Państwa nie poniósł żadnej straty, wówczas podmiot wystawiający taką fakturę może ją wyeliminować z obrotu prawnego. Trybunał nie odnosi się przy tym do technicznej formy eliminacji takiej faktury, pozostawiając to regulacjom wewnętrznym państw członkowskich. Polskie regulacje przewidują, że właściwa w takim przypadku jest faktura korygująca. W konsekwencji nie powinno ulegać wątpliwości, że ta forma skorygowania faktury, a w konsekwencji pierwotnego rozliczenia, powinna mieć zastosowanie w przypadku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.

Tym samym, zarówno na gruncie polskich regulacji o VAT, jak i biorąc pod uwagę przepisy Dyrektywy 2006/112 oraz orzecznictwo TS UE, podatnik, który wystawił fakturę z błędnie wykazaną kwotą podatku należnego, może skorygować tę fakturę w zwykłym trybie, tzn. przez wystawienie faktury korygującej.