Należy pamiętać o tym, że płatność w formie zaliczki nie jest samodzielnym przedmiotem opodatkowania VAT. Czynnością opodatkowaną jest bowiem zawsze tylko i wyłącznie transakcja podstawowa, a zatem dostawa towarów lub świadczenie usług, na poczet których zaliczka jest przekazywana. W istocie rzeczy płatność zaliczki przyspiesza jedynie powstanie obowiązku podatkowego, który w normalnych okolicznościach powstałby z chwilą wydania towaru (wykonania usługi), wystawienia faktury względnie w ciągu 7 dni od wydania towaru (wykonania usługi). W konsekwencji oznacza to także, że w przypadku gdy z jakichkolwiek powodów transakcja podstawowa nie dochodzi do skutku, wówczas nie ma miejsca czynność podlegająca opodatkowaniu. Zatem zapłacona zaliczka przestaje pełnić swoją rolę płatności za (przyszłą) dostawę towaru lub usługę. Tym samym rozliczenie podatku od towarów i usług musi zostać skorygowane.

Dotyczy to także zadatku. Przy czym warto podkreślić, że zadatek pełni także funkcję zabezpieczenia interesów stron. Nie zmienia to jednak faktu, że w razie gdy czynność podstawowa nie dochodzi do skutku, a zadatek zostaje zatrzymany lub zwrócony w podwójnej wysokości (w zależności od powodu niedojścia do skutku czynności), korekta rozliczenia VAT musi zostać dokonana. Z wyroku Trybunał Sprawiedliwości UE (sprawa C-277/05 Societe Thermale) wynika, że w przypadku gdy gość zarezerwował miejsce w hotelu, zapłacił zadatek, następnie nie przyjechał, a w konsekwencji zadatek przepadł na rzecz hotelu zgodnie z zawartą umową, nie mamy do czynienia z płatnością. Zadatek ten przestał z chwilą rezygnacji z usługi pełnić funkcje płatności za usługę. Stał się natomiast rodzajem rekompensaty niepodlegającej opodatkowaniu. Trybunał Sprawiedliwości UE podkreślił, że sytuacja taka wymaga korekty pierwotnie naliczonego podatku.