Zgodnie z ustawą z 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej (Dz.U. nr 225, poz. 1635 z późn. zm.) opłacie skarbowej w sprawach indywidualnych z zakresu administracji publicznej podlega wydanie zaświadczenia na wniosek. Jak zauważa Paweł Małecki, doradca podatkowy w Kancelarii Doradztwa Podatkowego Pama, od tej zasady występują pewne wyjątki. Wyłączenia z obowiązku stosowania opłaty skarbowej obejmują: dokonanie czynności urzędowych; wydawanie zaświadczeń i zezwoleń, pozwoleń, koncesji; złożenie dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa lub prokury albo jego odpisu, wypisu lub kopii w sprawach enumeratywnie wskazanych przez ustawodawcę.

– Wśród tych wyjątków trudno się doszukać wyłączeń dla opłaty skarbowej pobieranej od zaświadczeń wystawianych przez fiskusa – podkreśla Paweł Małecki.

Zdaniem eksperta zaświadczenia wystawiane przez urząd skarbowy nie będą objęte opłatą skarbową, tylko gdy wystąpi zwolnienie podmiotowe dla tej czynności. Z opłaty skarbowej są zwolnione pod warunkiem wzajemności państwa obce, ich przedstawicielstwa dyplomatyczne, urzędy konsularne i siły zbrojne, międzynarodowe organizacje i instytucje oraz ich oddziały i przedstawicielstwa korzystające na podstawie ustaw, umów lub powszechnie uznanych zwyczajów międzynarodowych z przywilejów i immunitetów, a także członkowie ich personelu i inne osoby zrównane z nimi, jeżeli nie są one obywatelami polskimi i nie mają miejsca stałego pobytu na terytorium Polski.

Opłaty nie wniosą jednostki budżetowe i jednostki samorządu terytorialnego oraz organizacje pożytku publicznego, jeżeli dokonują zgłoszenia lub składają wniosek o dokonanie czynności urzędowej albo wniosek o wydanie zaświadczenia lub zezwolenia – wyłącznie w związku z nieodpłatną działalnością pożytku publicznego. Zwolnienie z opłaty skarbowej również ma miejsce, gdy zaświadczenie było wystawiane osobom, które dokonując zgłoszenia lub składając wniosek o dokonanie czynności urzędowej albo wniosek o wydanie zaświadczenia lub zezwolenia (pozwolenia, koncesji) albo składając dokument stwierdzający udzielenie pełnomocnictwa lub prokury albo jego odpis, wypis lub kopię, przedstawią zaświadczenie o korzystaniu ze świadczeń pomocy społecznej z powodu ubóstwa. W zakresie związanym z ochroną przyrody nie zapłacą opłaty osoby fizyczne prowadzące czynną ochronę gatunkową oraz osoby fizyczne, których gospodarstwo rolne, leśne lub rybackie narażone jest na szkody wyrządzane przez gatunki zwierząt chronionych nieobjęte odszkodowaniem Skarbu Państwa.