Jeżeli organy podatkowe określą dochód w wysokości wyższej niż zadeklarowana przez podatnika w związku z dokonaniem transakcji z podmiotami powiązanymi, a podatnik nie przedstawi wymaganej dokumentacji podatkowej, to różnicę między dochodem zadeklarowanym przez podatnika a określonym przez fiskusa opodatkowuje się stawką sankcyjną w wysokości 50 proc. Pojawia się wątpliwość odnośnie do możliwości jej zastosowania w przypadku, gdy podatnik wykazuje stratę podatkową.

Funkcjonuje pogląd, że opodatkowaniu według karnej stawki podlega również różnica pomiędzy wysokością straty zawyżonej przez podatnika a wysokością straty albo wysokością dochodu oszacowanymi przez organy podatkowe. Z kolei organy podatkowe uważają, że sankcyjna stawka podatku ma zastosowanie wyłącznie do dochodów dotyczących transakcji między podmiotami powiązanymi, a nie do globalnych dochodów podatnika. Jeżeli organ oszacuje dochód z transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi w wysokości wyższej, niż wykazał podatnik, to przy braku wymaganej dokumentacji podatkowej organ ten zastosuje do tego dochodu transakcyjnego 50-proc. podatek. Może zatem wystąpić sytuacja, w której organ ustali podatnikowi sankcyjny podatek, mimo że w zeznaniu podatkowym wykaże on stratę.

Jest to praktyka niesłuszna. Stawką sankcyjną opodatkowuje się różnicę między dochodem zadeklarowanym przez podatnika a określonym przez organy podatkowe. Przedmiotem opodatkowania tym podatkiem jest dochód. Zatem podatek wynikający ze stawki 50 proc. może być nałożony tylko wtedy, gdy po dokonanej przez organ podatkowy korekcie podatnik wykazuje dochód podatkowy, a sankcyjna stawka podatku powinna mieć w takim przypadku zastosowanie wyłącznie do dochodu podatkowego wynikającego z korekty, a nie do całej różnicy między deklarowaną uprzednio stratą a określonym przez organ dochodem.