Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 19433) odniosło się do zarzutu braku kontroli nad działaniami wywiadu skarbowego, w szczególności braku kontroli parlamentarnej. Zdaniem resortu nie znajduje on swojego uzasadnienia w faktach oraz obowiązujących przepisach. Art. 36l ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (t.j. Dz.U. z 2004 r. nr 8, poz. 65 z późn. zm.) nakłada na generalnego inspektora kontroli skarbowej obowiązek przedstawienia corocznie Sejmowi i Senatowi informacji o działalności wywiadu skarbowego. Oznacza to, że co roku parlament otrzymuje dokładne sprawozdanie z działalności wywiadu skarbowego na temat korzystania z poszczególnych uprawnień wywiadu skarbowego. Dotyczy to również działalności operacyjnej, obserwacji i rejestrowania zdarzeń, przetwarzania danych objętych tajemnicą telekomunikacyjną oraz realnych skutków tych działań w postaci kwot podatków, które udało się uzyskać w wyniku pracy wywiadu skarbowego.

Resort zwrócił uwagę, że minister finansów wchodzi w skład Kolegium do Spraw Służb Specjalnych. Jest to organ opiniodawczo-doradczy w sprawach programowania, nadzorowania i koordynowania działalności m.in. służb specjalnych, Policji, Straży Granicznej, Służby Celnej urzędów skarbowych, izb skarbowych oraz organów kontroli skarbowej, w tym wywiadu skarbowego. Ponadto zgodnie z art. 13 ust. 1 ustawy z 24 maja 2002 r. o Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego i Agencji Wywiadu prezes Rady Ministrów w celu koordynacji działań w dziedzinie ochrony bezpieczeństwa państwa i obronności państwa wydaje wiążące wytyczne oraz może żądać informacji m.in. od ministra finansów w odniesieniu do organów kontroli skarbowej, na rzecz których zadania wykonuje wywiad skarbowy.

Zakres działalności wywiadu skarbowego uregulowany został w art. 36 – 36d ustawy o kontroli skarbowej. W ramach czynności operacyjno-rozpoznawczych pracownicy wywiadu skarbowego mają prawo do obserwowania i rejestrowania przy użyciu środków technicznych obrazu zdarzeń w miejscach publicznych oraz dźwięku towarzyszącego tym zdarzeniom, wyłącznie w toku czynności podejmowanych w celu ustalenia sprawców oraz uzyskania i utrwalenia dowodów przestępstw skarbowych.