Odpowiedź na to pytanie wymaga określenia, czy publiczna uczelnia wyższa to organ władzy publicznej i czy w zakresie organizacji konferencji uczelnia realizuje zadania ustawowe, do których realizacji została powołana, czy też działa na zasadach podobnych do podmiotów gospodarczych. Zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy o VAT nie uznaje się za podatników organów władzy publicznej i obsługujących je urzędów. Jednak odpowiedni przepis Dyrektywy 2006/112/WE wymienia – poza krajowymi, regionalnymi i lokalnymi organami władzy – także inne podmioty prawa publicznego. Państwowej szkole wyższej można zatem przypisać przymiot podmiotu prawa publicznego. Dla uznania jednak, że uczelnia nie działa jako podatnik VAT, konieczne jest spełnienie drugiego kryterium, tzn. działalność uczelni nie może być wykonywana w warunkach, w jakich wykonywałyby je podmioty prywatne.

Sprawa tego typu została rozstrzygnięta wyrokiem WSA we Wrocławiu z 26 marca 2010 r., (sygn. akt I SA/Wr 157/10). Sąd po rozpoznaniu sprawy uznał, że pomimo statusu podmiotu publicznego uczelnia w zakresie organizacji konferencji naukowych nie działa jak organ władzy publicznej, lecz jako podmiot prywatnoprawny, a więc jest podatnikiem VAT. Zdaniem WSA uczelnia, organizując i przeprowadzając konferencje, nie ma pozycji nadrzędnej przysługującej organowi władzy publicznej, lecz działa w sposób zbliżony do podmiotów prywatnoprawnych prowadzących działalność gospodarczą. Teza ta wydaje się uzasadniona, ale moim zdaniem sąd nie wziął pod uwagę jeszcze jednego aspektu, który potencjalnie mógłby zmienić orzeczenie. Otóż, aby działać jako podatnik VAT, trzeba wykonywać działalność gospodarczą, a więc działać w celu osiągania zysku. Nie ma natomiast wątpliwości, że uczelnia w omawianym przypadku żądała jedynie proporcjonalnego zwrotu kosztów.