Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że wystawienie faktury wewnętrznej nie powoduje konieczności zapłaty VAT tak jak przy wystawieniu pustej, zwykłej faktury. Faktura zwykła wystawiana między kontrahentami ma inny charakter niż faktura wewnętrzna. Faktura zwykła wchodzi do obrotu prawnego, faktura wewnętrzna ma dokumentować jedynie wewnętrzne czynności i jej skutki.

Sąd kasacyjny zgodził się, że jeżeli podatniczka nabywała samochody z zagranicy udokumentowane fakturami VAT-marża, to czynności te nie stanowiły wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (WNT). W związku z tym skarżąca wadliwie wystawiała faktury wewnętrzne. Jak wyjaśnił sędzia NSA Janusz Zubrzycki, jeżeli dana czynność nie była WNT, to podatnik nie ma prawa do odliczenia VAT. Jednak eliminując podatek naliczony, organy podatkowe nie mogą żądać zapłaty podatku należnego. Dlatego jeżeli organ podatkowy stwierdza, że podatnik błędnie zakwalifikował czynność jako WNT, to ma obowiązek wyeliminować zarówno podatek naliczony, jak i należny.

Podatniczka w deklaracjach wykazała podatek naliczony wynikający z wewnętrznych faktur VAT dokumentujących wewnątrzwspólnotowe nabycie samochodów. Ponieważ zostały one wystawione na podstawie faktur VAT-marża, organy podatkowe wskazały, że nie wystąpiło WNT i nie było prawa do odliczenia VAT. Jednak pozbawiając skarżącą odliczenia, organy podatkowe jednocześnie nakazały zapłacenie VAT wynikającego z faktur wewnętrznych (art. 108 ust. 1 ustawy o VAT). Sądy administracyjne obu instancji nie podzieliły jednak poglądu fiskusa.

Wyrok jest prawomocny.

Sygn. akt I FSK 1203/09