Uzyskane środki z tytułu zwolnienia z podatku od nieruchomości prowadzący zakład pracy chronionej przekazuje na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (PFRON) oraz na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych (ZFRON). Prowadzący zakład aktywności zawodowej zobowiązany jest przekazać środki z tego zwolnienia na zakładowy fundusz aktywności – ZFA. ZFRON lub ZFA nie jest funduszem tworzonym w ciężar kosztów. Jak wskazał minister finansów w ogólnej interpretacji podatkowej, przekazywane wpłaty na te fundusze, odpowiadające środkom uzyskanym ze zwolnienia od podatku od nieruchomości, nie mogą stanowić kosztów w momencie przekazania ich na tego rodzaju fundusz. Kosztami natomiast dla zakładu pracy chronionej (zakładu aktywności zawodowej) są wydatki sfinansowane z tego funduszu.

Przy zaliczkach podatkowych kosztem jest cała kwota wynagrodzenia, od którego obliczana i odprowadzana jest zaliczka na podatek dochodowy. Kosztem zaliczka staje się z chwilą zaliczenia wynagrodzenia (brutto) do kosztów podatkowych. Nie może więc ona stanowić dodatkowo kosztu w momencie przekazania jej na ZFRON (ZFA) i PFRON oraz wydatkowania z ZFRON (ZFA) środków pochodzących z tej zaliczki.

Interpretacja ogólna ministra finansów z 5 marca 2010 r. (nr D6/ 8213/165/KWW/09/BMI9/11871).