Po upływie okresu przedawnienia, z mocy prawa, przestaje istnieć stosunek zobowiązaniowy pomiędzy podatnikiem i wierzycielem podatkowym. Organ podatkowy nie ma już podstaw do egzekwowania zobowiązania podatkowego. Artykuł 70 par. 1 Ordynacji podatkowej regulujący okres przedawnienia nie określa, czy pięcioletni termin odnosi się również do przedawnienia prawa do żądania od podatnika zwrotu otrzymanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Sądy administracyjne oraz organy podatkowe prezentują odmienne stanowiska w tym zakresie. W kilku wyrokach NSA stwierdził, że nie jest możliwe zastosowanie przepisu Ordynacji podatkowej na zasadzie analogii do zwrotu nienależnie otrzymanej kwoty różnicy VAT. Z chwilą wydania decyzji określającej kwotę zwrotu nie powstaje powinność podatnika do zapłaty podatku. Brak jest zatem obowiązku podatkowego jako elementu konstytuującego zobowiązanie podatkowe (np. wyroki NSA: z 27 listopada 2003 r., sygn. akt III SA 2905/02; z 27 kwietnia 2005 r., sygn. akt I FSK 852/05; z 25 maja 2006 r., sygn. akt I FSK 173/06). W odmiennym kierunku szły wojewódzkie sądy administracyjne (m.in. WSA w Warszawie w wyroku z 2 listopada 2005 r., sygn. akt III SA/Wa 987/05; WSA w Rzeszowie w wyroku z 30 lipca 2007 r., sygn. akt I SA/Rz 544/07).

Rozbieżności rozstrzygnął NSA w uchwale siedmiu sędziów z 29 czerwca 2009 r. (sygn. akt I FPS 9/08). Sąd stanął na stanowisku, że art. 70 par. 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie do należności z tytułu nienależnego zwrotu VAT. Sąd wskazał, że odmienny pogląd, po pierwsze, stałby w sprzeczności z fundamentalnymi zasadami konstytucyjnymi, przede wszystkim zasadą demokratycznego państwa prawa, przyznając organom podatkowym nieograniczone w czasie prawo do domagania się uiszczenia przez podatników kwoty nienależnie otrzymanego podatku. Po drugie, pozwalałby organom podatkowym na dokonywanie w nieograniczonym czasie weryfikacji rozliczania za dany okres, w zakresie określenia innej kwoty zwrotu podatku. Jednocześnie organy te nie mogłyby dokonać weryfikacji wymiaru zobowiązania podatkowego w miejsce deklarowanego zwrotu podatku, ponieważ musiałoby ono zostać uznane za przedawnione z upływem pięcioletniego terminu przewidzianego w art. 70 par. 1 Ordynacji podatkowej.

Andrzej Dębiec, partner, kancelaria Lovells