Chociaż nie są jeszcze znane szczegóły nowego systemu, gdyż te zostaną dokładnie zdefiniowane w rozporządzeniu wykonawczym, ustawa zmieniająca pozwala na określenie ogólnych ram funkcjonowania systemu zwrotu podatku VAT. Poza tym Dyrektywa 2008/9 nie pozostawia państwom członkowskim w tym zakresie nadmiernej swobody. Z tego względu już teraz można powiedzieć, jak będą wyglądały zwroty VAT w 2010 roku.

Zwroty VAT poniesionego w krajach Unii

Jedna z najistotniejszych zmian wymuszonych zmianą przepisów unijnych dotyczy trybu składania wniosków o zwrot podatku. Do tej pory polski podatnik, który dokonał zakupów w innych krajach Wspólnoty był zobowiązany składać wniosek w każdym z tych krajów. Od 1 stycznia 2010 r. wniosek taki będzie składany w polskim urzędzie skarbowym właściwym dla danego podatnika. Do obowiązków tego urzędu będzie należało przekazanie wniosku do odpowiedniego urzędu w kraju poniesienia wydatków. Co równie istotne, wniosek ten składany będzie za pomocą środków komunikacji elektronicznej. Oznacza to, że podatnik nie będzie musiał (poza nielicznymi wyjątkami) dołączać oryginałów faktur. Urząd skarbowy będzie dokonywał wstępnej analizy formalnej wniosku, m.in. weryfikował status podmiotu występującego o zwrot oraz zakres uprawnienia do zwrotu. Wniosek taki nie będzie zatem przekazywany dalej, jeżeli wnioskodawca nie będzie podatnikiem lub będzie korzystał ze zwolnienia podmiotowego lub wykonywał wyłącznie czynności zwolnione z opodatkowania.

Pewną nowością jest uregulowanie zakresu prawa do zwrotu, jeżeli nabyte towary lub usługi służyły do wykonywania zarówno czynności opodatkowanych, jak i zwolnionych. W takiej sytuacji podatnik będzie obowiązany obliczyć kwotę zwrotu z wykorzystaniem proporcji (tzw. współczynnika) – późniejsza zmiana proporcji będzie wiązała się ponadto z koniecznością modyfikacji zakresu prawa do zwrotu poprzez uwzględnienie tego faktu w kolejnym wniosku lub poprzez złożenie korekty wniosku o zwrot.

Podobna zmiana, jak polskich podatników, dotyczy podmiotów zagranicznych z siedzibą w jednym z krajów UE ubiegających się o zwrot VAT poniesionego w Polsce. Wnioski te nie będą składane bezpośrednio do II US Warszawa-Śródmieście, ale do urzędu skarbowego w kraju siedziby i tam poddawane wstępnej analizie.

Termin złożenia wniosku i otrzymania zwrotu

Dobrą wiadomością dla podatników jest wydłużenie terminu na składanie wniosków o zwrot. Zamiast do 30 czerwca, podatnik będzie mógł występować o zwrot do 30 września następnego roku. Dyrektywa 2008/9, a za nią spodziewane rozporządzenie wykonawcze (określające zasady zwrotu), będzie również szczegółowo definiowało zakres czasowy analizowania zasadności zwrotu i jego dokonywania. I chociaż sześciomiesięczny termin zwrotu ulegnie nieznacznemu wydłużeniu, to zgodnie z nowymi regulacjami trudniej będzie w nieskończoność przedłużać zwrot, jeżeli komplet żądanych dokumentów będzie w posiadaniu urzędu skarbowego. Poza tym pośrednictwo lokalnego urzędu skarbowego powinno usprawnić i uprościć całą tę procedurę.