Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 8600) odniosło się do wątpliwości posłów w sprawie postępowań podatkowych wobec przedsiębiorców wykonujących usługi transportowe. Dotyczyły one przede wszystkim kwestionowania przez organy podatkowe prawa do odliczenia VAT z faktury wystawionej przez podmiot nieuprawniony, a także możliwości naliczenia akcyzy od paliwa nabytego z niewiadomego źródła. Resort wyjaśnił, że stosownie do art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) ustawy o VAT, w przypadku gdy sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi wystawionymi przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do ich wystawiania, nie stanowią one podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego. Podatnicy mają możliwość weryfikacji dostawcy, występując do naczelnika urzędu skarbowego z wnioskiem o potwierdzenie, czy podatnik jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub zwolniony.

MF odniosło się również do kwestii możliwości naliczania akcyzy od zakupionych paliw pochodzących z niewiadomego źródła. Resort wskazał, że w latach 2004–2005 zgodnie z Dyrektywą Rady 92/12/ EWG z 25 lutego 1992 r. w sprawie ogólnych warunków dotyczących wyrobów objętych podatkiem akcyzowym, ich przechowywania, przepływu oraz kontrolowania podatek akcyzowy był wymagalny w momencie dopuszczenia do konsumpcji. Dopuszczenie do konsumpcji wyrobów objętych akcyzą (m.in. paliw silnikowych) oznacza: wszelkie odstępstwa, włączając odstępstwa z naruszeniem prawa, od systemu zawieszenia podatku, wszelką produkcję tych wyrobów, włączając produkcję nielegalną, poza systemem zawieszenia podatku, oraz wszelki przywóz tych produktów, włączając przywóz nieformalny, w przypadku gdy wyroby nie zostały umieszczone w ramach systemu zawieszenia podatku. Zatem naliczenie podatku akcyzowego od paliw silnikowych nabytych z niewiadomego źródła jest zgodne z prawem wspólnotowym.