Z orzecznictwa sądowego wynika, że strata wykazana przez przedsiębiorcę, nawet potwierdzona decyzją, nie ma automatycznego przełożenia na postępowanie z nieujawnionych źródeł.

W jednym z orzeczeń sąd administracyjny zakwestionował przyjęcie jako wydatku straty z działalności gospodarczej, która została pomniejszona o wysokość odpisów amortyzacyjnych. Sąd podkreślił, że poniesiona strata jest kategorią podatkową, która nie jest równoznaczna z wydatkiem mogącym stanowić podstawę ustalenia przychodu nie znajdującego pokrycia w ujawnionych źródłach przychodu (wyrok WSA w Szczecinie z 27 sierpnia 2008 r., I SA/Sz 201/08, niepublikowany).

Wykazanie straty poniesionej w działalności gospodarczej nie oznacza jeszcze możliwości prostego jej uwzględnienia przy ustalaniu wydatków z danego roku.

Warunkiem takiego uwzględnienia jest ustalenie faktycznych (rzeczywistych, kasowych) wydatków poniesionych w roku podatkowym.

W ocenie sądu nie wystarczy jedynie ich ewidencjonowanie w stosownych urządzeniach księgowych. Sąd podkreślił, że samo zaewidencjonowanie przez podatnika w odpowiednich urządzeniach księgowych np. faktury zakupu, nawet przy rozliczaniu metodą kasową, nie zawsze łączy się z zapłatą.

Postępowanie z nieujawnionych źródeł przychodów jest postępowaniem odrębnym, samoistnym w stosunku do postępowania podatkowego w sprawie określenia straty w działalności gospodarczej. Wymaga ono odrębnych ustaleń w zakresie poniesionych przez przedsiębiorcę wydatków.