Osią sporu było ograniczenie przez Polskę prawa do odliczenia VAT na zakupie paliw silnikowych do samochodów, które przed przystąpieniem Polski do UE spełniały warunki do uznania je za samochody ciężarowe, a od 1 maja 2004 r. już nie. Stanowisko do wyroku w tej sprawie MF przedstawiło w piśmie z 13 lutego 2009 r. (nr PT3/812/4/15/CZE/09/185), przyjmując w nim najmniej korzystną dla podatników interpretację wyroku.

Odnośnie do skutków wyroku przede wszystkim stwierdzić należy, że siła jego rażenia nie ogranicza się jedynie do VAT naliczonego na zakupie paliw silnikowych. Te same argumenty, które legły u podstaw rozstrzygnięcia w sprawie Magoora, można odnieść do VAT naliczonego na zakupie samochodów z kratką oraz leasingu tych samochodów.

Można znaleźć bardzo istotne argumenty na poparcie tezy, że wyrok Magoory faktycznie otworzył polskim podatnikom możliwość ubiegania się o zwrot VAT od zakupu i leasingu wszystkich samochodów, a także paliw do nich, również wówczas, gdy samochody nie spełniały nigdy warunków określonych w przepisach ustawy o VAT z 1993 roku. Należy zastrzec, że taka interpretacja jest możliwa jedynie w przypadku samochodów oraz paliw wykorzystywanych do działalności gospodarczej opodatkowanej VAT.

Na pierwszy rzut oka takie stwierdzenie może wydawać się nadużyciem. Paradoksalnie jednak jest to jedyna interpretacja, która zapewnia realizację w praktyce tez wyroku ETS i da się pogodzić z podstawowymi zasadami stanowienia i stosowania prawa w demokratycznym państwie prawa. W moim głębokim przekonaniu teza ta wynika z kilku ważkich argumentów. Po pierwsze polskie przepisy obowiązujące od 1 maja 2004 r. dwukrotnie złamały tzw. zasadę stałości, tj. zakaz ograniczania prawa do odliczenia VAT po wejściu Polski do UE - co potwierdził wprost ETS. Po drugie utraciły moc przepisy wprowadzające kryteria ograniczające prawo do odliczenia wynikające ze starej ustawy o VAT. Uzależnianie zatem prawa do odliczenia VAT od 1 maja 2004 r. od spełnienia warunków wynikających z uchylonej ustawy obowiązującej przed tą datą stałoby w sprzeczności z szeregiem zasad konstytucyjnych, np. zasadą pewności prawa, zasadą demokratycznego państwa prawa, z której wynika konieczność oceny skutków prawnych transakcji zgodnie ze stanem prawnym obowiązującym w dniu dokonania tej transakcji.