Decydując się na złożenie wniosku o przekształcenie, należy mieć na uwadze odpłatność przekształcenia.

Wniosek o dokonanie przekształcenia użytkowania wieczystego we własność należy opłacić (opłata skarbowa 10 zł) i złożyć organowi wydającemu decyzję o przekształceniu. W przypadku nieruchomości stanowiących własność Skarbu Państwa decyzje wydaje starosta, natomiast w przypadku nieruchomości należących do jednostek samorządu terytorialnego decyzje wydają wójtowie, burmistrzowie, prezydenci miast, zarządy powiatów albo zarządy województw (w zależności od tego, czyją własnością jest nieruchomość). W przypadku nieruchomości znajdującej się w granicach miasta stołecznego Warszawy wniosek należy złożyć do Prezydenta Miasta Stołecznego Warszawy, przy tym fizycznie wnioski przyjmują delegatury biura gospodarki nieruchomościami w dzielnicach, na obszarze których znajdują się nieruchomości, których dotyczy wniosek.

Decydując się na złożenie wniosku o przekształcenie, należy mieć na uwadze odpłatność przekształcenia. W decyzji właściwy organ ustala wysokość opłaty, jaką będzie musiał uiścić przyszły właściciel. Opłata jest obliczana przez pomniejszenie ceny gruntu o kwotę równą wartości prawa użytkowania wieczystego tego gruntu. Zabezpieczenie zwrotu opłaty następuje przez ustanowienie hipoteki przymusowej na nieruchomości.

Nieodpłatnie własność w wyniku przekształcenia nabywają osoby i ich następcy prawni, którzy utracili swoje prawo na rzecz Skarbu Państwa w drodze wywłaszczenia lub przejęcia nieruchomości przed 5 grudnia 1990 r. i art. 7 Dekretu z 26 października 1945 r. o własności i użytkowaniu gruntów na obszarze m.st. Warszawy.

Opłata może zostać rozłożona na oprocentowane raty (od 10 do 20 lat). Ustawa przewiduje bonifikaty, nawet w niektórych przypadkach obowiązkowe, np. w wysokości 90 proc. w przypadku nieruchomości mieszkaniowych, dla osób najmniej zarabiających. Za zgodą wojewody, właściwej rady lub sejmiku może być jeszcze wyższa albo być tak zwana fakultatywna. Użytkownicy wieczyści gruntów położonych w stolicy mogą otrzymać na swój wniosek bonifikaty w wysokości od 60 proc. aż do 95 proc.

Organ, który udzielił bonifikaty, może żądać jej zwrotu (w zwaloryzowanej wysokości), jeśli właściciel nieruchomości, który ją otrzymał, przed upływem pięciu lat, licząc od dnia przekształcenia, zbył lub wykorzystał nieruchomość na inne cele niż te, które stanowiły podstawę udzielenia bonifikaty (zasada ta przewiduje wyjątki, np. zbycie na rzecz osoby bliskiej).