Organy podatkowe I instancji, którymi w przypadku lekarzy, pielęgniarek czy innych osób wykonujących prywatną praktykę w zawodach medycznych są urzędy skarbowe, przeprowadzają kontrolę podatkową u nich jako u podatników lub płatników.
Wszelkie zasady kontaktów podatnika z urzędem skarbowym, zarówno dotyczące załatwiania bieżących formalności, składania deklaracji, regulowania zobowiązań podatkowych, jak i prowadzenia kontroli i odwoływania się od decyzji służb fiskalnych - uregulowane są w ustawie z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz.U. z 2005 r., nr 8, poz. 60 z późn. zm.). Z ustawą tą każdy podatnik powinien zapoznać się bardzo dokładnie jeszcze przed rozpoczęciem działalności gospodarczej.
Czynności sprawdzające
Poza czynnościami kontrolnymi organy podatkowe I instancji dokonują czynności sprawdzających. Mają one na celu sprawdzenie terminowości składania deklaracji, wpłacania zadeklarowanych podatków, w tym również pobieranych przez płatników, stwierdzenie formalnej poprawności deklaracji oraz ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami.
Organ podatkowy może wezwać stronę lub inne osoby do złożenia wyjaśnień, zeznań lub dokonania określonej czynności osobiście, przez pełnomocnika lub na piśmie, jeżeli jest to niezbędne dla wyjaśnienia stanu faktycznego lub rozstrzygnięcia sprawy. Jeżeli osoba wezwana nie może stawić się z powodu choroby, kalectwa lub innej ważnej przyczyny, organ podatkowy może przyjąć wyjaśnienie lub zeznanie albo dokonać czynności w miejscu jej pobytu.
Wezwany jest obowiązany do osobistego stawienia się tylko na terenie województwa, w którym zamieszkuje lub przebywa. Jeżeli właściwym miejscowo do rozpatrzenia sprawy jest organ podatkowy mający siedzibę w innym województwie, osoba obowiązana do osobistego stawienia się może zastrzec, że chce stawić się przed organem właściwym do rozpatrzenia sprawy. W przypadku wszczęcia postępowania podatkowego z urzędu organ podatkowy poucza stronę w postanowieniu o jego rozpoczęciu o możliwości złożenia zastrzeżenia w terminie siedmiu dni od jego doręczenia.
Kiedy możliwa jest kontrola
Wszczęcie kontroli podatkowej następuje przez doręczenie kontrolowanemu upoważnienia do jej przeprowadzenia oraz okazanie legitymacji służbowej. Kontrolowany jest obowiązany wskazać osobę, która będzie go reprezentowała w trakcie kontroli w czasie jego nieobecności.
Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. Osoby prowadzące prywatną praktykę są kontrolowane tylko wówczas, gdy zatrudniają innych podatników i pobierają oraz odprowadzają z tego tytułu podatki.
Zanim dojdzie do jakiejkolwiek kontroli, lekarz wykonujący prywatną praktykę może w formie pisemnej wyznaczyć osobę fizyczną, która będzie upoważniona do jego reprezentowania w trakcie kontroli podatkowej oraz zgłosić ją naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym, wójtowi, burmistrzowi (prezydentowi miasta).
Zasady czynności kontrolnych
Kontrolę podatkową podejmuje się z urzędu, a w zakresie spraw rozstrzygniętych decyzją ostateczną organu podatkowego co do zasady kontrola podatkowa nie może być ponownie wszczęta.
Kontrola podatkowa jest przeprowadzana przez pracowników fiskusa na podstawie imiennego upoważnienia udzielonego przez: naczelnika urzędu skarbowego lub osobę go zastępującą. W zakresie np. podatku od nieruchomości oraz innych podatków i opłat lokalnych dokonują jej pracownicy urzędu gminy (miasta), starostwa lub urzędu marszałkowskiego w imieniu wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty lub marszałka województwa albo osób je zastępujących.
Czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego lub osoby przez niego wskazanej, chyba że kontrolowany sam zrezygnuje z prawa uczestniczenia w tych czynnościach. Są one prowadzone w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia. W przypadku skrócenia w toku kontroli czasu prowadzenia działalności czynności kontrolne mogą być prowadzone przez osiem godzin dziennie. Natomiast gdy księgi podatkowe są prowadzone lub przechowywane poza siedzibą kontrolowanego, kontrolowany na żądanie kontrolującego obowiązany jest zapewnić do nich dostęp w swojej siedzibie albo w miejscu ich prowadzenia lub przechowywania, jeśli udostępnienie ich w siedzibie może w znacznym stopniu utrudnić prowadzenie przez kontrolowanego bieżącej działalności.
Przebieg kontroli kontrolujący dokumentuje w protokole. Stan faktyczny może być ponadto utrwalony za pomocą aparatury rejestrującej obraz i dźwięk lub na informatycznych nośnikach danych.