Opodatkowanie umowy pożyczki PCC skutkuje realnym wzrostem kosztów używania cudzych pieniędzy przez przedsiębiorców. Pomimo wielu zwolnień dla umów pożyczek często, szczególnie w przypadku umów pożyczek pomiędzy przedsiębiorcami, którzy, generalizując, nie są instytucjami finansowymi, PCC będzie należny. Jednym ze sposobów obniżenia kosztu PCC jest emisja obligacji zamiast zaciągania pożyczek. Finansowanie za pomocą obligacji jest bardzo popularne, często popularniejsze niż pożyczki i kredyty w krajach zachodnich.

Ostatnio ten sposób finansowania zdobywa także popularność w Polsce. Czy emisja obligacji i ich późniejszy wykup podlega PCC? Zgodnie z obowiązującym prawem należy stwierdzić, że emisja obligacji oraz ich późniejszy wykup nie podlegają PCC. Otóż ustawa o PCC nie stanowi, żeby opodatkowaniu podlegały emisja lub wykup obligacji.

W konsekwencji dla ustawy o PCC czynności te są prawnie obojętne. Stanowisko takie znajduje także potwierdzenie w interpretacjach indywidualnych wydawanych przez organy podatkowe, np. o nr. ITPB2/ 436-107/10/MK z 20 sierpnia 2010 r. wydana przez dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy, potwierdzająca, że emisja obligacji imiennych o stałym oprocentowaniu emitowanych w trybie emisji niepublicznej skierowanej do określonych imiennie adresatów w liczbie nie wyższej niż 99 osób nie podlega PCC.

Podobnie interpretacja o nr. IBPB2/436-116/08/MZ z 2 października 2008 r. dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach potwierdzająca, że zarówno emisja obligacji, jak również późniejszy ich wykup w przyszłości nie wiążą się z powstaniem obowiązku podatkowego w zakresie PCC.