Zasada dwuinstancyjności postępowania podatkowego gwarantuje podatnikowi, że jego sprawa zostanie niezależnie oceniona najpierw przez organ podatkowy pierwszej instancji, a następnie przez organ podatkowy drugiej instancji. Jednak zakres przeprowadzenia postępowania przez organ drugiej instancji jest ograniczony. Otóż w przypadku wątpliwości dotyczących stanu faktycznego organ drugiej instancji może zgodnie z art. 229 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję. Cytowany przepis mówi wyraźnie o prawie do uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie, a nie o przeprowadzeniu całego postępowania dowodowego lub wyjaśniającego w sprawie.

Jeżeli stan sprawy wymaga przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, organ odwoławczy jest zobowiązany do uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i przekazania mu sprawy do ponownego zbadania, wskazując przy tym okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy. Jeżeli bowiem sprawa wymaga przeprowadzenie postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, oznacza to, że w rzeczywistości postępowanie przed organem pierwszej instancji się nie odbyło. Jak stwierdził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w wyroku z 22 stycznia 2009 (sygn. akt: I SA/Gl 691/08), podjęcie decyzji przez organ I instancji bez przeprowadzenia w całości lub części postępowania dowodowego nie może być sanowane w postępowaniu odwoławczym. Naruszałoby to bowiem zasadę dwuinstancyjności, której istota polega na dwukrotnym rozpoznaniu i rozstrzygnięciu sprawy. W takim przypadku organ odwoławczy ma tylko kompetencje kasacyjne.