Zwykle powodem takich sporów jest wysokość stawki VAT, a więc wysokość zobowiązania podatkowego. Materiały budowlane opodatkowane są stawką podstawową 22 proc., natomiast usługi budowlane związane z budownictwem mieszkaniowym korzystają z preferencyjnej 7-proc. stawki VAT. W tym kontekście warto zwrócić uwagę na wyrok NSA z 23 września 2010 r. (sygn. akt I FSK 1561/09). Dotyczył on spółki prowadzącej działalność polegającą na składaniu domów z prefabrykatów. Uznawała ona swoją działalność za kompleksową usługę budowlano-montażową.

Organy podatkowe argumentowały, że umowy dotyczyły dostarczenia budynku prefabrykowanego klasyfikowanego w PKWiU pod pozycją 20.30.2, czyli w rozumieniu art. 2 pkt. 6 ustawy o VAT – towaru. Istota tych czynności polegała na przeniesieniu prawa do rozporządzania tymi towarami jak właściciel w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, co wyklucza możliwość ich zakwalifikowania jako usługi. Skoro spółka nie świadczyła usługi, to miała obowiązek ewidencjonować obrót przy zastosowaniu kas rejestrujących, a w konsekwencji, na podstawie art. 111 ust. 2 ustawy o VAT, zastosowały sankcję – brak prawa do odliczenia podatku naliczonego na zakupie prefabrykatów.

Naczelny Sąd Administracyjny przyznał jednak rację spółce. Uznał, że jeśli uwzględni się charakter czynności, który jest najistotniejszy dla rozstrzygnięcia sprawy, to wynika z niego, że spółka świadczy usługę, na którą składa się kilka czynności wykonywanych na zlecenie osoby zamawiającej. Spółka zobowiązywała się do zaprojektowania i montażu domu oraz do wyprodukowania potrzebnych prefabrykatów – elementów domu. Wszystko było realizowane na podstawie indywidualnego zamówienia klienta. NSA stwierdził, że należy się odwołać do innego działu PKWiU, niż twierdził organ podatkowy – tj. do działu 45 Roboty budowlane, w którym montaż i wznoszenie budowli z prefabrykatów uznane jest za usługę budowlaną.