Sposób rozliczenia tego rodzaju wydatków zależy od ich charakteru. W części dotyczącej nabycia majątkowych prawa autorskich, o ile przewidywany okres używania jest dłuższy niż rok, co do zasady powinny one podlegać amortyzacji. Natomiast w części dotyczącej pozostałych usług powinny zostać jednorazowo zaliczone do kosztów uzyskania przychodu.
Wyszczególnienie przez sprzedawcę wynagrodzenia za przeniesienie praw autorskich niewątpliwie ułatwi rozliczenie tego typu wydatków. W razie braku takiego wyszczególnienia, wartość początkową autorskiego prawa majątkowego ustala się w oparciu o wartość rynkową tego prawa.
Poszczególne prawa autorskie nabyte w związku z tworzeniem czy modernizacją funkcjonalności i grafiki strony internetowej mogą być uznane za odrębne wartości niematerialne i prawne. W przypadku wydatków ponoszonych na modernizację, z uwagi na to, że art. 16g ust. 13 ustawy o CIT dotyczy wyłącznie środków trwałych, wartości niematerialne i prawne nie mogą zwiększyć swojej wartości początkowej w drodze ulepszenia. Wydatki te, o ile służą działalności gospodarczej, w zależności od okoliczności mogą być zaliczone jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, w szczególności mogą stanowić koszty pośrednie albo mogą zostać uznane za nową wartość niematerialną i prawną podlegającą odrębnej amortyzacji.