Najważniejsze ryzyka podatkowe specyficzne dla rynku nieruchomości wiążą się z następującymi obszarami: ustalenie wartości początkowej wybudowanej lub nabytej nieruchomości i jej amortyzacja; odzyskiwanie VAT naliczonego w czasie trwania inwestycji; przekazanie infrastruktury technicznej związanej z nieruchomością (przyłącza, drogi itp.); rozliczenia inwestycji prowadzonej przez kilka podmiotów łącznie; rozliczenia inwestycji realizowanej na cudzym gruncie; rozliczenie kontraktów budowlanych; kwalifikacja przedmiotu transakcji sprzedaży/zakupu nieruchomości i związane z tym traktowanie podatkowe; rozliczanie umów najmu; podatek od nieruchomości.
W spółkach nieruchomościowych mogą występować także ryzyka podatkowe, które są mniej lub bardziej wspólne dla wszystkich branż, związane np. z cenami transferowymi.