Dyrektor KIS wyjaśnił, że gdy zagraniczne paliwo trafia do składu podatkowego, to obowiązek wpłaty podatku w ciągu pięciu dni ciąży na właścicielu składu, niezależnie od tego, że właściwy nabywca paliwa planuje rozliczyć VAT na zasadach ogólnych, czyli do 25. dnia następnego miesiąca.
Pytanie zadała spółka prowadząca skład podatkowy, posiadająca koncesję na wytwarzanie, magazynowanie i przeładunek paliw ciekłych. Współpracowała ona z partnerami handlowymi, którzy sprowadzali paliwo z krajów Unii Europejskiej, aby magazynować je w składzie podatkowym. To oznaczało, że zgodnie z art. 103 ust. 5a pkt 2 ustawy o VAT spółka jako właściciel składu miała obowiązek obliczyć i wpłacić kwotę podatku w ciągu pięciu dni od wprowadzenia paliwa do składu podatkowego. Trybunał Sprawiedliwości UE orzekł jednak 9 września 2021 r. w wyroku o sygn. C-855/19, że art. 103 ust. 5a ustawy o VAT jest sprzeczny z prawem unijnym w tym zakresie, w którym nakazuje przedsiębiorcom wpłacić podatek od wewnątrzwspólnotowego nabycia paliwa przed wystawieniem faktury lub przed 15. dniem następnego miesiąca.