- konieczne jest prowadzenie odrębnej ewidencji dla potrzeb tej ulgi (co może przełożyć się na wyższe koszty usług księgowych),
- stawka 5 proc. może być zastosowana dopiero w rozliczeniu rocznym, co oznacza, że zaliczki na PIT są płacone w standardowej wysokości, a dopiero po złożeniu rocznego zeznania podatnik otrzymuje zwrot nadpłaconego podatku,
- z uwagi na dużą niepewność interpretacyjną zdecydowanie rekomendowane jest uzyskanie interpretacji indywidualnej, potwierdzającej możliwość i metodologię stosowania IP BOX.
- została wprowadzona nowa stawka ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych - w wysokości 12 proc., z której będzie mogła skorzystać znaczna część osób z sektora IT;
- zostały zmienione zasady kalkulacji składki zdrowotnej; obecnie jest ona uzależniona od formy opodatkowania i w przypadku zasad ogólnych (według skali podatkowej) oraz liniowego PIT wynosi ona odpowiednio 9 proc. i 4,9 proc. dochodu (dotyczy to również dochodu w ramach IP Box), natomiast w przypadku ryczałtu ewidencjonowanego będzie płacona w stałej, zryczałtowanej wysokości (choć wyższej niż dotychczas).