Zaległe wynagrodzenie pracownika staje się jego przychodem dopiero w chwili, gdy pracownik je otrzyma. Jeśli pracodawca wypłaci pracownikowi marcową pensję w maju, zaliczkę na PIT będzie musiał naliczyć i pobrać od sumy wynagrodzeń, jakie wypłaci w maju (czyli od sumy zaległego wynagrodzenia za marzec i bieżącego za kwiecień).
Jeżeli pracodawca wypłaci zaległą pensję wraz z odsetkami, zaliczkę na PIT pobierze tylko od wartości pensji. Mowa tu o odsetkach, jakich może żądać pracownik, który nie doczekał się wypłaty wynagrodzenia w terminie – odsetki naliczane są już od pierwszego dnia po wskazanym w umowie terminie płatności (jeśli ich wysokość nie jest określona w regulaminie firmy, pracownikowi należą się odsetki ustawowe). Zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym odsetki te są wolne od podatku.
Uregulowanie z pensji pracownika zobowiązania wobec ZUS-u również następuje w momencie wypłaty zaległej pensji (także w tym przypadku pracodawca nie będzie musiał dokonać korekty dokumentów złożonych do ZUS-u za poprzednie miesiące). Aby rozliczyć składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne od zaległej pensji, pracodawca musi je ująć w raporcie za miesiąc, w którym wypłacił pensję. Warto przy tym pamiętać, że odsetki za spóźnione wynagrodzenie nie stanowią podstawy wymiaru składek ZUS.
W przypadku braku wypłaty pracownikowi wynagrodzenia np. w marcu, pracodawca musi złożyć za ten miesiąc tzw. zerowy raport ZUS. Wykazuje w nim zerową podstawę wymiaru i zerową kwotę składek.