Resort potwierdza, że praktyka urzędów skarbowych związana z odrębnym rejestrowaniem jednostek budżetowych oraz gmin pozostaje prawidłowa.
10 grudnia 2013 r. NSA, rozpatrując sprawę gminy Wrocław, skierował pytanie prawne do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej dotyczące statusu jednostek organizacyjnych gminy jako podatników VAT. NSA zdecydował się na to pół roku po wydaniu przez skład siedmiu sędziów tego sądu uchwały w tej samej sprawie. W rozstrzygnięciu z 24 czerwca 2013 r. (sygn. akt I FPS 1/13) NSA stwierdził wprost, że gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami VAT, bo nie prowadzą samodzielnie działalności gospodarczej (są zależne od gmin). Ministerstwo od początku nie zgadzało się z tą uchwałą i dążyło do skierowania zapytania do unijnego sądu.

Michał Borowski, menedżer zespołu VAT Kancelarii Ożóg i Wspólnicy, uważa, że decyzja MF była uzasadniona i można było się jej spodziewać.

Wskazuje jednak, że nie rozwiązuje ona zaistniałego w gminach problemu, a wręcz przeciwnie, będzie pogłębiać panującą już obecnie niepewność samorządów, bo niektóre z nich już nawet dokonały centralizacji – czyli wyrejestrowały jednostki z VAT. Dodaje, że orzeczenie TSUE zapadnie najwcześniej za 1,5–2 lata, a w tym czasie gminy będą musiały się zmierzyć z problemem rozliczania VAT, w szczególności od zrealizowanych, realizowanych i planowanych inwestycji. Problem pogłębia również to, że Ministerstwo Rozwoju Regionalnego ma inne niż MF zdanie w kwestii wstecznych korekt po uchwale NSA. – Można więc już wkrótce spodziewać się problemów związanych z rozliczaniem dofinansowania ze środków UE i składaniem oświadczeń o kwalifikowalności VAT, jak również sporów z MRR dotyczących rozliczania już przyznanych dotacji – stwierdza Michał Borowski.