Przepisy nie pozwalają odliczyć podatku naliczonego, jeśli nie wystąpił polski VAT należny. Zasada ta jest niezgodna z regulacjami Unii Europejskiej.
Organy podatkowe odczytują przepis art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT literalnie. Nie zważają zupełnie, że po wejściu Polski do UE nie wystarcza już stosowanie wyłącznie wykładni językowej polskiej ustawy, bo może to prowadzić do naruszenia fundamentalnych zasad obowiązujących w zakresie VAT na terytorium całej Unii – a więc i w Polsce. Przepis, choć tak niefortunnie sformułowany, ma za zadanie zapewnić funkcjonowanie zasady neutralności w ramach polskiej części unijnego systemu podatku od wartości dodanej. Cel najwyraźniej nie został osiągnięty, gdyż organy podatkowe twierdzą, że podatnicy nie mają prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z czynnościami opodatkowanymi poza terytorium kraju (np. w innym państwie członkowskim), jeżeli w tym samym czasie (w danym okresie rozliczeniowym) nie wykazują podatku należnego od sprzedaży podlegającej opodatkowaniu w Polsce. Co gorsza, podkreślają przy okazji, że brak sprzedaży towarów lub usług, dla których miejscem opodatkowania jest Polska, świadczy o tym, że dany podatnik jest konsumentem zakupionych towarów i usług, wykorzystywanych do czynności opodatkowanych np. w innym miejscu Unii Europejskiej. Trudno o większą niedorzeczność i bardziej rażące naruszenie zasady neutralności. Problem dotyczy szczególnie polskich oddziałów zagranicznych podatników, gdyż często wykonują one szereg czynności stanowiących element np. usługi sprzedawanej w całości przez zagranicznego podatnika. Nie wykazuje on więc w Polsce podatku należnego, gdyż zgodnie z regułami rządzącymi unijnym VAT podatek z tytułu wykonania usługi rozliczy nabywca – w kraju, w którym ma swoją siedzibę. Prawo do odliczenia podatku naliczonego powinno więc być w tym przypadku weryfikowane w odniesieniu do działalności podatnika jako takiej (i to w oderwaniu od terytorium tylko jednego kraju), a nie samego oddziału, który w świetle przepisów o VAT nie jest samodzielnym podmiotem.
Problem można wyeliminować, nieznacznie modyfikując art. 86 ust. 8 pkt 1 w taki sposób, aby jego treść lepiej odzwierciedlała sens art. 169 lit. a) Dyrektywy 112, który jest pierwowzorem polskiego przepisu. Z polskiej normy należałoby usunąć niefortunne i niezgodne z celem Dyrektywy 112 nawiązanie do „kwoty podatku należnego”, sugerujące konieczność istnienia takiej dodatniej kwoty. Tymczasem dyrektywa wspomina wyłącznie o „prawie do odliczenia” podatku naliczonego, które może skutkować jego zwrotem, gdy w danym okresie rozliczeniowym wystąpi wyłącznie VAT naliczony, podczas gdy należny wyniesie zero (bo daną sprzedaż należało opodatkować w innym państwie członkowskim). Przepis wymaga nowelizacji, gdyż ciągle jeszcze trudno liczyć na poprawną, prounijną interpretację po stronie organów podatkowych.