Naczelny Sąd Administracyjny potwierdził, że prawo do otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego w przyśpieszonym terminie 25 dni przysługuje także wtedy, gdy kwoty VAT wykazane w złożonej deklaracji zostały uregulowane na rzecz wystawcy faktury przez potrącenie wzajemnych wierzytelności.
Takie rozliczenie spełnia warunki dotyczące zwrotu podatku wyrażone w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT.
W sprawie, jaką rozpatrzył sąd, spółka, która zajmuje się projektowaniem, budową i eksploatacją odcinka autostrady wystąpiła do ministra finansów o interpretację podatkową. Spytała, czy będzie mogła otrzymać zwrot nadwyżki podatku naliczonego w przyśpieszonym terminie 25 dni, jeżeli faktury obejmujące wynagrodzenie dla operatora za usługi związane z naprawą szkód na autostradzie będą częściowo regulowane przez potrącenie wzajemnych wierzytelności spółki i operatora (kompensata). Wartość jednorazowych transakcji zakupu od operatora, do których zastosowanie będzie miała kompensata wierzytelności, będzie w niektórych przypadkach niższa niż równowartość 15 tys. euro, a w niektórych równa lub większa od tej kwoty.