Zgodnie z art. 6 projektu ustawy, w przypadku czynności podlegających VAT, które zostały wykonane przed dniem wejścia w życie nowelizacji, czynności te podlegają opodatkowaniu według stawek obowiązujących w momencie ich wykonania, niezależnie od momentu powstania obowiązku podatkowego. Przepisy przejściowe w ogóle nie odnoszą się natomiast do zagadnienia umów długoterminowych, w których strony z góry określiły cenę za świadczenie w kwocie brutto. W takiej sytuacji powstaje pytanie, która ze stron umowy powinna ponieść zwiększony ciężar podatku.

Problem ten obrazują umowy, w ramach których na rzecz państwa wykonywane są np. usługi budowlane. Świadczenie tego rodzaju usług, co do zasady, odbywa się na podstawie umowy zawartej w trybie przepisów o zamówieniach publicznych. Przepisy ustawy o zamówieniach publicznych przewidują określenie wynagrodzenia w kwocie brutto, zatem kwota określonego w umowie wynagrodzenia zawiera podatek od towarów i usług. W przypadku zmiany stawki VAT w trakcie obowiązywania umowy brak jest mechanizmu umożliwiającego automatyczne podwyższenie wynagrodzenia należnego wykonawcy. Konsekwentnie zgodnie z obecnymi rozwiązaniami to usługodawca będzie zmuszony do poniesienia ekonomicznego ciężaru podatku od towarów i usług, co z kolei jest sprzeczne z podstawową zasadą VAT. Przewiduje ona, że ciężar podatku przerzucany jest na nabywcę świadczenia. Trybunał Sprawiedliwości UE (ETS) wielokrotnie podkreślał, że neutralność VAT dla przedsiębiorców jest naczelną zasadą i jej realizacja przeważa nawet nad uzasadnionymi interesami fiskalnymi państw członkowskich. Pogląd taki wyrażony został np. w wyroku ETS z 15 stycznia 1998 r. (C-37/95). W wyroku tym trybunał podkreśla, że wspólny system podatku od wartości dodanej gwarantuje, iż wszystkie rodzaje działalności gospodarczej, niezależnie od jej celu lub wyników, pod warunkiem że same są objęte VAT, są opodatkowane w sposób całkowicie neutralny.

Kolejnym przykładem obszaru, który wymyka się spod planowanych regulacji przejściowych, jest opodatkowanie usług ciągłych. Jako przykład mogą posłużyć usługi telekomunikacyjne. Zgodnie z przepisami ustawy o VAT, jeżeli termin płatności za usługi został przewidziany w umowie, obowiązek zapłaty VAT powstaje z upływem tego terminu. Jednocześnie przepisy z zakresu VAT przewidują, że w odniesieniu do usług telekomunikacyjnych podatnik może wystawić fakturę przed momentem powstania obowiązku podatkowego. Można zatem wyobrazić sobie sytuację, w której podatnik wystawia w grudniu tego roku fakturę za usługi telekomunikacyjne, które zostaną wykonane w styczniu 2011 r. oraz w stosunku do których termin płatności także powstanie w styczniu. Powstaje pytanie, jaka stawka podatku powinna być zastosowana na fakturze wystawionej w grudniu 2010 r., czyli w momencie gdy podstawowa stawka podatku wynosi 22 proc., a usługi, których faktura dotyczy, zgodnie z przewidzianymi przepisami przejściowymi, powinny być objęte stawką 23 proc.

Obecny etap procesu legislacyjnego umożliwia jeszcze dokonanie niezbędnych zmian w projekcie. Miejmy nadzieję, że posłowie pracujący nad nowelizacją wsłuchają się w głos przedsiębiorców, bo to przecież im przyjdzie się zmierzyć z problemami wynikającymi z planowanych zmian.