W przypadku tzw. eksportu pośredniego ustawa uzależnia zastosowanie stawki zerowej od posiadania kopii dokumentu, w którym właściwy urząd celny potwierdził wywóz towarów poza UE. Przepis mówi o kopii, co jest zrozumiałe, gdyż w przypadku tego typu transakcji eksportowych zgłoszenie celne dokonywane jest przez nabywcę lub np. działającą na jego rzecz agencję celną, i to te podmioty otrzymują właściwy dokument.

Od dłuższego czasu zgłoszenia celne w wywozie dokonywane są w elektronicznym Systemie Kontroli Eksportu (ECS). Dokumentem potwierdzającym wywóz towarów, co do zasady, jest komunikat IE-599 przesłany elektronicznie do zgłaszającego przez urząd celny wywozu (w formacie XML). Na tym tle wykształciła się kontrowersyjna praktyka organów podatkowych, jak rozumieć pojęcie kopii dokumentu celnego w przypadku eksportu pośredniego. Zdaniem organów zwykłe przesłanie (forward) dokumentu elektronicznego do podatnika nie jest wystarczające. Właściwy urząd celny powinien potwierdzić wywóz towarów poza UE przez wydanie kontrahentowi podatnika wydruku komunikatu IE-599 opatrzonego pieczęcią i podpisem. Dopiero kopia takiego dokumentu uprawnia do stawki zerowej.

Pogląd ten należy uznać za bezpodstawny. Zaprzecza celowi systemu ECS, w którym dokumenty papierowe zastąpiły dokumenty elektroniczne. Narusza też prawo unijne, gdyż nakłada na podatników nadmierne obciążenia formalne związane ze stosowaniem stawki zerowej w eksporcie, zwłaszcza że przy braku współpracy ze strony kontrahenta (zgłaszającego) w praktyce uzyskanie takiego dokumentu może się okazać niemożliwe, na co podatnik nie ma większego wpływu. Wspomniana praktyka organów podatkowych słusznie została zakwestionowana przez NSA (wyrok z 25 maja 2010 r., sygn. akt I FSK 953/09), który potwierdził, że również w przypadku dokumentowania eksportu pośredniego wystarczające jest otrzymanie przez podatnika dokumentu elektronicznego.