W praktyce gospodarczej spotkać można transakcje polegające na sprzedaży części przedsiębiorstwa, które z punktu widzenia funkcjonalnego prowadzą zasadniczo samodzielnie działalność gospodarczą. Jak będzie opodatkowana VAT sprzedaż zorganizowanej części takiego przedsiębiorstwa?



Jeśli art. 6 pkt 1 ustawy o VAT wyłącza z opodatkowania VAT transakcje zbycia przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans, to sprzedaż takiej zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie korzysta z wyłączenia z opodatkowania. Podlega VAT.
Abstrahując od kwestii niezgodnego z prawem wspólnotowym zawężenia wyłączenia z opodatkowania VAT zawartego w polskiej ustawie, sytuacja taka powoduje duże trudności praktyczne z punktu widzenia określenia podstawy opodatkowania i właściwych stawek VAT. W praktyce najczęściej prezentowany jest pogląd, że w przypadku sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa nieobjętej wyłączeniem określonym w art. 6 ustawy o VAT opodatkowaniu podlegają poszczególne elementy takiej zorganizowanej części przedsiębiorstwa (poszczególne towary, wartości niematerialne i prawne itp.). Takie podejście powoduje, że poszczególne elementy zorganizowanej części przedsiębiorstwa mogą być opodatkowane różnymi stawkami VAT, korzystać ze zwolnienia czy wręcz nie podlegać opodatkowaniu VAT. Dojść może nawet do powstania obowiązku podatkowego poszczególnych elementów w różnych terminach.
Takie podejście wydaje się jednak nie do końca poprawne. Przede wszystkim sprzeczne jest ono z ekonomicznym charakterem takiej transakcji (a kryterium ekonomiczne jest przecież decydujące, jeśli chodzi o określanie skutków w VAT). Jej przedmiotem nie jest nabycie określonej liczby używanych środków trwałych, praw, zapasów etc., lecz nabycie funkcjonującego biznesu. Kupujący w wyniku takiej transakcji nabywa zorganizowany i działający biznes, który jako cały ma określoną cenę. Przedmiotem transakcji powinna być zatem zorganizowana część przedsiębiorstwa jako całość. Cena, jaką nabywca zobowiązuje się zapłacić za taką zorganizowaną część przedsiębiorstwa, powinna zasadniczo stanowić podstawę opodatkowania. Jeśli jednak nabywca zorganizowanej części przedsiębiorstwa przejmuje również zobowiązania, wartość takich zobowiązań powinna być uwzględniona przy określaniu podstawy opodatkowania.
Ze względu na podatek dochodowy, faktura dokumentująca sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa może zawierać załącznik z listą poszczególnych elementów zorganizowanej części przedsiębiorstwa wraz z przyporządkowaną do nich ceną.