Czwarta część komentarza do przepisów wprowadzających KAS skupia się przede wszystkim na nowelizacji czterech ustaw: o VAT, Prawo celne, o swobodzie działalności gospodarczej oraz o podatku akcyzowym. Poza omówieniem samych zmian zamieszczamy też kilka uwag związanych z funkcjonowaniem nowych rozwiązań. Jest to szczególnie widoczne w ustawie o VAT, która została istotnie znowelizowana z początkiem 2017 r.



Obecnie regulacje w zakresie VAT umożliwiają dokładną weryfikację transakcji pomiędzy przedsiębiorcami na potrzeby określenia zasadności zwrotu tego podatku. Naczelnik urzędu skarbowego wydaje postanowienie o przedłużeniu terminu do zwrotu także wówczas, gdy kontrola prowadzona jest m.in. przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. Prowadzi to do paradoksalnej sytuacji, gdy inny organ ocenia, czy podatek może być zwrócony, a inny o tym decyduje. Komentarz wskazuje na instrumenty obrony podatników przed takimi działaniami organów podatkowych. W szczególności odwołuje się do uchwały siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego, który stwierdził, iż niezależnie od trybu weryfikacji podatnika postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT jest traktowane jako wydane w ramach czynności sprawdzających, regulowanych ordynacją podatkową. Tym samym – po złożeniu zażalenia i niekorzystnym rozstrzygnięciu organu drugiej instancji – podatnikowi przysługuje prawo do wniesienia skargi na otrzymane postanowienie do sądu administracyjnego. Dotychczas w tym zakresie istniało niejednolite orzecznictwo.