Jerzy Martini doradca podatkowy, Baker & McKenzie Autonomię systemu VAT od prawa cywilnego podkreślał Europejski Trybunał Sprawiedliwości w wyroku w sprawie Shipping and Forwarding Enterprises (C-320/88). Ze względu na rozbieżności w prawie cywilnym poszczególnych państw członkowskich oraz konieczność zapewnienia zasadniczo identycznego stosowania przepisów o VAT we wszystkich państwach członkowskich, system VAT musi być oparty o kryteria oderwane od prawa cywilnego. Dla celów VAT funkcjonują więc pewne koncepcje wspólnotowe obowiązujące wszystkie państwa członkowskie. Efektem stosowania takiego wynikającego z dyrektyw VAT podejścia polegającego na oderwaniu kwestii cywilnoprawnych od VAT jest na przykład niedawna uchwała siedmiu sędziów (sygn. akt NSA I FSP 1/06; niepublikowany), która potwierdziła, że ustanowienie użytkowania wieczystego jest dostawą towarów, a nie, jak powszechnie interpretowały to organy podatkowe usługą. Autonomia VAT od prawa cywilnego ważna jest szczególnie w odniesieniu do kwestii prawa do odliczenia podatku naliczonego. Należy uznać, że sprzeczne z logiką systemu VAT byłoby ograniczanie prawa do odliczenia VAT w oparciu o kryteria wynikające z prawa cywilnego, a więc obce wspólnotowemu systemowi VAT. W przeciwnym wypadku podatnicy skazani byliby na nierówne traktowanie wynikające z różnic w prawie cywilnym obowiązującym w różnych państwach członkowskich. Dlatego przepisy wprowadzające automatyczny zakaz prawa do odliczenia podatku w przypadku naruszenia norm prawa cywilnego należy uznać za niezgodne z dyrektywą. Takie stanowisko zaprezentował ETS w wyroku w sprawie Axel Kittel (C-439/04). Biorąc to pod uwagę za niezgodne z prawem wspólnotowym należy uznać art. 88 ust. 3a pkt 4c ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) zakazujący odliczenia podatku w odniesieniu do czynności, do których mają zastosowanie przepisy art. 58 i 83 kodeksu cywilnego. Zgodnie z wnioskami wynikającymi ze wspomnianego orzeczenia odliczenie podatku, w przypadkach gdy miałby zastosowanie art. 58 czy 83 kodeksu cywilnego, byłoby niemożliwe jedynie w przypadku podatników mających świadomość uczestnictwa w transakcji mających na celu oszustwo podatkowe lub mających na celu nadużycie prawa w sposób wskazany przez Trybunał w orzeczeniu w sprawie Halifax (C-255/02). Warto też zaznaczyć, że prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługiwałoby również podatnikom, którzy nabyli prawo do dysponowania nieruchomością jak właściciel, lecz ze względu na niezachowanie formy aktu notarialnego, umowa na sprzedaży nieruchomości byłaby nieważna na gruncie prawa cywilnego.