Kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 23 ustawy o PIT. Kosztami pośrednimi dla przedsiębiorców prowadzących podatkową księgę przychodów i rozchodów (zarówno tych opodatkowanych według skali, jak i 19-proc. podatkiem liniowym) będą między innymi wydatki związane z rozpoczęciem działalności gospodarczej, np. koszty wyrobienia pieczątki, opłaty za wpisy, opłaty na założenie konta. Dla tych przedsiębiorców koszty uzyskania przychodów są potrącane tylko w tym roku podatkowym, w którym zostały poniesione.

Podstawą zapisów w księdze są dowody księgowe, którymi są: faktury VAT, w szczególności faktury VAT marża, faktury VAT RR, faktury VAT MP, dokumenty celne, rachunki oraz faktury korygujące i noty korygujące lub w niektórych sytuacjach inne dowody stwierdzające fakt dokonania operacji gospodarczej zgodnie z jej rzeczywistym przebiegiem. Jeżeli pieczątkę wykonał inny przedsiębiorca będący podatnikiem VAT, podstawą wpisu w księdze będzie faktura VAT.