Głównym elementem zasady neutralności jest prawo do odliczenia podatku naliczonego. Prawo to może być ograniczone jedynie w wyjątkowych przypadkach. Przeszkody natury formalnej mogą wpłynąć na odliczenia VAT w ograniczonym zakresie. Przy ocenie prawa do odliczenia VAT należy przyjąć prymat wypełnienia przesłanek merytorycznych nad formalnymi (choć nie może to prowadzić do ignorowania wymogów formalnych).

1 marca 2012 r. zapadł wyrok TSUE w sprawie C-280/10 Kopalnia Odkrywkowa Polski Trawertyn. Wyrok ten doskonale wpisuje się w linię orzecznictwa europejskiego formułującego zasadę prymatu przesłanek merytorycznych nad formalnymi przy ocenie prawa do odliczenia VAT.

Przedmiotem sporu było prawo do odliczenia VAT z faktury wystawionej na przyszłych wspólników spółki osobowej dotyczącej nieruchomości – kopalni – będącej przedmiotem działalności spółki osobowej założonej już po transakcji nabycia nieruchomości, a także VAT z faktury wystawionej przez notariusza na spółkę osobową przed wpisaniem jej do rejestru przedsiębiorców. Organy odmówiły spółce prawa do odliczenia, argumentując, że fakturę tę wystawiono na nieistniejącą spółkę. Spółka nie zgodziła się z tym, stwierdzając, że nabycie określonych składników majątku – odkrywkowego złoża kamienia – nastąpiło z zamiarem ich wykorzystywania w celach działalności, co następnie zostało potwierdzone utworzeniem podmiotu gospodarczego i zarejestrowaniem go w charakterze podatnika.

Trybunał stwierdził, że prawo do odliczenia naliczonego VAT powinno przysługiwać w razie spełnienia podstawowych wymagań, nawet jeśli podatnicy nie spełnili niektórych wymagań formalnych. Wskazał, że takie przepisy, które nie umożliwiają ani wspólnikom spółki, ani tej spółce dochodzenia prawa do odliczenia VAT w związku z wydatkami inwestycyjnymi dokonanymi przez wspólników przed zawiązaniem i rejestracją spółki na potrzeby i cele jej działalności, naruszałyby prawo UE.