Zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 3 ustawy o PIT wolne od podatku dochodowego są otrzymane odszkodowania, jeżeli ich wysokość lub zasady ustalania wynikają z odrębnych przepisów, z wyjątkiem m.in. odszkodowań wypłacanych przez pracodawcę z tytułu skrócenia okresu wypowiedzenia, za przestrzeganie zakazu konkurencji oraz na podstawie ugody innej niż sądowa. Na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 3b ustawy o PIT zwolnione z podatku są także inne odszkodowania lub zadośćuczynienia otrzymane na podstawie ugody sądowej.

Mając powyższe na uwadze, należy podkreślić, że jeżeli wypłacona byłemu pracownikowi na podstawie ugody sądowej kwota ma u swych podstaw niewypłacone wynagrodzenia, kwota ta nie stanowi odszkodowania, lecz wypłatę zaległych należności z tytułu łączącego go z byłym pracodawcą stosunku pracy. Bez znaczenia przy tym pozostaje fakt, że realizacja tych należności następuje na podstawie ugody sądowej. Wypłacona kwota zaległego wynagrodzenia, nie stanowiąc odszkodowania, nie korzysta ze zwolnienia z opodatkowania.

Istotne są także konsekwencje podatkowe odszkodowania wypłaconego pracownikowi na podstawie art. 45 kodeksu pracy, przewidującego odszkodowanie w przypadku ustalenia, że wypowiedzenie umowy o pracę zawartej na czas nieokreślony jest nieuzasadnione lub narusza przepisy o wypowiadaniu umów o pracę. Nie ulega wątpliwości, że takie odszkodowanie wypłacone na podstawie ugody sądowej jest zwolnione od podatku. Zwolnienie nie obejmie także kwoty wypłaconej pracownikowi na podstawie ugody sądowej zmieniającej tryb rozwiązania umowy o pracę z wypowiedzenia na porozumienie stron bądź ustalającej w inny sposób niż kodeks pracy wysokość odszkodowania. Takie odszkodowanie bowiem należy potraktować jako zwrot korzyści, jakie pracownik osiągnąłby, gdyby nie rozwiązanie umowy o pracę, a jego wysokość nie wynika z przepisu prawa.