Rozporządzenie zostało wydane w związku ze zmianami w ustawie o VAT wprowadzonymi nowelizacją z 7 listopada 2008 r. Wzór zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R został oparty na dotychczasowym wzorze. Wśród wprowadzanych zmian można wymienić m.in. jedną z modyfikacji w części C.1. okoliczności określające obowiązek podatkowy. W poz. 43 pominięto kwadrat „podatnik traci (utracił) prawo do składania deklaracji za okresy kwartalne”. Zmiana ta wiąże się, ze zmianą art. 99 ustawy o VAT zgodnie z którą wszyscy podatnicy mają prawo do składania deklaracji za okresy kwartalne. W konsekwencji podatnik tracąc prawo do kasowego rozliczenia może również składać deklaracje za okresy kwartalne. Inne zmiany wiążą się z ujednoliceniem standardów informatycznych w zakresie formularzy podatkowych oraz mają charakter doprecyzowujący.
W rozporządzeniu umieszczono również przepis umożliwiający wykorzystanie formularza zgłoszenia rejestracyjnego według dotychczasowego wzoru obowiązującego przed zmianą. Będzie to możliwe do 31 grudnia 2009 r. Rozporządzenie zaczęło obowiązywać od 1 grudnia 2008 r.
