W przypadku sprzedaży nieruchomości zysk sprzedawcy będzie opodatkowany w Polsce. W przypadku sprzedaży udziałów transakcja będzie opodatkowana w Polsce, jeżeli sprzedającym będzie podmiot polski.
Przy rozliczaniu obrotu nieruchomościami istotne znaczenie ma to, czy kupujemy nieruchomość, czy udział w spółce posiadającej nieruchomość. W pierwszym przypadku sprzedawca zapłaci podatek, który wpłynie na ekonomiczną efektywność transakcji. Nabywca będzie mógł amortyzować nabyte środki trwałe od ich wartości rynkowej wyznaczonej przez cenę sprzedaży.
Natomiast w przypadku sprzedaży udziałów transakcja będzie opodatkowana w Polsce, jeżeli sprzedającym będzie podmiot polski. Jeżeli sprzedającym jest podmiot zagraniczny, to w zależności od istnienia i kształtu umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania podpisanej z krajem siedziby sprzedającego możliwe jest uniknięcie opodatkowania w Polsce. Możliwość taka istnieje w przypadku umów niezawierających tzw. klauzuli nieruchomościowej (która przewiduje opodatkowanie w Polsce sprzedaży udziałów w spółkach, których głównym majątkiem są nieruchomości). W przeciwieństwie do sprzedaży nieruchomości w przypadku sprzedaży udziałów nie dojdzie do podwyższenia podstawy amortyzacji w nabywanej spółce.

Perspektywa stron umowy

Z perspektywy podatku dochodowego dla sprzedawcy korzystniej jest zwykle sprzedać udziały w spółce, gdyż przy odpowiedniej strukturze własnościowej nie zapłaci on podatku w Polsce od tej transakcji. Dla nabywcy najczęściej sytuacja wygląda odwrotnie. Korzystniej dla niego jest zwykle kupić aktywa, gdyż w tym przypadku zapłacona przez niego cena jest odzwierciedlona w podstawie ich amortyzacji i obniżeniu przyszłego opodatkowania przychodu z najmu lub sprzedaży. Natomiast w przypadku zakupu udziałów w spółce koszt ich nabycia nie może być rozpoznany podatkowo w momencie zakupu (nawet jeżeli w kraju siedziby nabywcy można rozpoznać podatkowo taki koszt, to nie można go odliczyć w Polsce od przychodu generowanego przez zakupioną spółkę). Ponadto, kupując udziały w spółce, nabywca musi się liczyć z tym, że w przyszłości w przypadku sprzedaży samej nieruchomości będzie musiał zapłacić podatek od różnicy pomiędzy jej wartością rynkową a jej podatkową wartością księgową. Dlatego nabywca może chcieć negocjować ze sprzedawcą obniżenie ceny przynajmniej o część zdyskontowanego podatku od takiej potencjalnej sprzedaży.
Ważne!
W przypadku nabycia spółki nabywca przejmuje pełną odpowiedzialność ekonomiczną za potencjalne zaległości podatkowe istniejące w spółce w okresie przed jej zakupem. Dlatego też dla nabywcy ważne jest przeprowadzenie badania podatkowego kupowanej spółki (oprócz badania prawnego, technicznego i finansowego) oraz uzyskanie od sprzedawcy odpowiednich gwarancji w umowie zakupu udziałów

Podatki pośrednie

Sprzedaż nieruchomości może być opodatkowana VAT (22 proc. albo 7 proc.), zwolniona z VAT (np. sprzedaż używanego budynku wraz z gruntem) albo nie będzie podlegać opodatkowaniu (np. sprzedaż nieruchomości w ramach sprzedaży przedsiębiorstwa). W przypadku sprzedaży opodatkowanej VAT nabywca może odliczyć podatek naliczony na transakcji, a pod pewnymi warunkami uzyskać jego zwrot w gotówce z urzędu skarbowego. W przypadku sprzedaży zwolnionej albo niepodlegającej opodatkowaniu transakcja jest opodatkowana 2-proc. podatkiem od czynności cywilnoprawnych (PCC). PCC zapłacony przez nabywcę przy zakupie nieruchomości nie jest odliczalny (w takim znaczeniu, w jakim odliczalny jest VAT), ale stanowi koszt dla celów podatku dochodowego (w momencie zbycia nieruchomości albo poprzez odpisy amortyzacyjne w zależności od sytuacji).
Sprzedaż udziałów w polskiej spółce posiadającej nieruchomość będzie opodatkowana 1-proc. PCC od wartości spółki (a więc od wartości nieruchomości pomniejszonej o przejmowany dług).
RÓŻNICE W PODATKACH POŚREDNICH DLA STRON
Z perspektywy podatków pośrednich dla nabywcy różnica pomiędzy nabyciem aktywów a nabyciem spółki sprowadza się do porównania kosztu finansowania VAT na zakupie aktywów do momentu uzyskania jego zwrotu z kosztem PCC na zakupie udziałów. Jeżeli sprzedaż nieruchomości podlega PCC (bo jest zwolniona z VAT albo nie podlega VAT), to dla nabywcy tańszy będzie zakup udziałów (1-proc. PCC od wartości spółki) niż zakup samej nieruchomości (2-proc. PCC od wartości nieruchomości).